Po navedbah spletnega mesta BioWeb Univerze v Wisconsinu je primer za PCR kratek sintetični oligonukleotid (običajno med 18 do 25 baz), ki se uporabljajo za ojačanje določenih regij DNA v tehniki molekularne biologije, znani kot verižna reakcija s polimerazo (PCR). Potrebna sta tako prednji kot tudi reverzni primer, ki sta zasnovana tako, da predstavlja reverzne komplemente verige DNA, da se boči in veže na želeno regijo DNA. Ko želijo znanstveniki raziskati določen gen ali regijo DNA, morajo najprej opraviti PCR, da pridobijo dovolj ciljne regije, s katero lahko delajo. Oblikovanje zaporedij primerjev za območje, ki nas zanima, bo morda potrebno, če že niso na voljo s predhodno objavljenimi raziskavami ali komercialnimi sredstvi.
Pridobite nukleotidno zaporedje genskega ali DNA-območja, ki nas zanima, in se odločite, kako dolgo želite razmnoževati fragment. Prednji in vzvratni premaz je zasnovan tako, da se veže na začetku in na koncu želenega fragmenta. Običajno metode običajne PCR uporabljajo primerje, ki obkrožajo območje med 100 in 1.000 baznimi pari, medtem ko metode PCR v realnem času uporabljajo fragmente, ki so dolgi približno 50 do 200 baznih parov.
Odločite se, kje v zaporedju želite, da ležijo primerji. Na primer, morda boste želeli lokacijo blizu 5 'ali 3' konca zaporedja ali na sredini. Po želji določite mesto primerjev, da se raztezajo na intron.
Osnovni premazi naj bodo dolgi od 18 do 24 osnov. Vincent R. Prezioso, dr. Brinkmann Instruments Inc., predlaga, da je ta dolžina dovolj dolga, da je izjemno specifična za želeno regijo DNA, vendar dovolj kratka, da se zlahka veže (žari). Temperatura taljenja temeljnega premaza (Tm) mora biti med 55 in 80 stopinjami Celzija, dovolj nizka, da omogoča popolno taljenje pri 90 stopinjah Celzija ali več, vendar dovolj visoka, da omogoči žarjenje. Vsebnost GC (odstotek Gs in C v zaporedju) mora biti med 40 in 60 odstotki. 3 'konec zaporedja temeljnih premazov se mora končati s C ali G (imenovano GC objemka), da spodbuja vezavo, saj G nukleotidi imajo močnejše vezi, vendar se v zadnjih petih osnovah zaporedja izogibajte trem ali več G ali C.
Izogibajte se ponovitvam štirih ali več ene baze (na primer ACCCC ...) ali štirih ali več di-nukleotidnih ponovitev (kot je ATATATAT ...), ker lahko povzročijo napačno določanje. Oblikujte temeljne premaze brez homologije znotraj primerja (več kot tri podlage, ki se dopolnjujejo znotraj ene temeljni premaz) ali homologija med temeljnimi premazi (kjer se prednji in vzvratni temelj dopolnjujeta zaporedja). To lahko povzroči samo-dimere ali primer-dimere, kjer se primerki vežejo nase, namesto da bi se vezali na želeno zaporedje DNA.
Uporabite spletne vire in spletna mesta, ki pomagajo pri oblikovanju temeljnih premazov ali pomagajo pri preverjanju zaporedij temeljnih premazov za samozadostnost ali možnost izdelave sekundarnih struktur, kot so lasnice. Nekatera spletna mesta za oblikovanje primerjev vključujejo Primer3 Massachusetts Institute of Technology's, Primer-Blast in Integrated DNA Technologies OligoAnalyzer Nacionalnega centra za biotehnološke informacije.