Znanstveniki lahko DNA razgradijo ali zaporedijo v njene nukleotide, ki lahko na primer osebi povedo, ali ima genetsko bolezen. Običajne metode ekstrakcije DNA vključujejo uporabo izopropanola ali etanola v enem koraku postopka. Vendar celice vsebujejo številne druge molekule, kot so beljakovine in lipidi, in znanstveniki si seveda želijo dobiti čim bolj čisto raztopino DNA.
Metode ekstrakcije DNA običajno vključujejo več korakov: celice je treba razbiti, membranske lipide je treba odstraniti, DNA pa ločiti od beljakovin, RNA in drugega kontaminanti. Dva tipična protokola sta alkalna liza za ekstrakcijo bakterijske plazmidne DNA in ekstrakcija fenol-kloroforma. Pri obeh metodah je eden od zadnjih korakov obarjanje nukleinskih kislin v etanolu ali izopropanolu. Ko se DNA ali RNA obori (izpade iz raztopine), jo lahko resuspendiramo v vodi.
Etanol je dobro topilo
Tako etanol kot izopropanol se dobro mešata (se mešata z) vodo, vendar imata nižjo dielektrično konstanto kot voda, kar pomeni, da je njihova sposobnost zaščititi pozitivne in negativne naboje v raztopini in jih ohraniti ločene revnejši. Dielektrična konstanta za vodo je na primer 78,5, medtem ko je za etanol 24,3. DNA je negativno nabita, zato jo v raztopini privlačijo pozitivni ioni, kot sta kalij ali natrij. Etanol ima slabšo sposobnost kot voda, da ohranja pozitivno nabite ione in DNA narazen.
Etanol poveča koncentracijo DNA
Etanol prav tako naredi DNK manj topno iz drugega razloga. Ker molekule etanola lahko tvorijo interakcije, imenovane vodikove vezi, z molekulami vode, zmanjšajo število molekul vode, ki so na voljo za hidracijo DNA. Med tem učinkom in spodnjo dielektrično konstanto etanol v bistvu povzroči, da se DNA agregira s pozitivnimi ioni v raztopini in tvori trdno snov ali oborino na dnu cevi. Obarjanje DNK služi, da postane bolj koncentrirano, ker se drugi onesnaževalci v raztopini ne oborijo hkrati.
Dodatni dejavniki v postopku
Pranje z etanolom služi tudi odstranjevanju onesnaževalcev z nizko molekulsko maso, kot so soli in detergenti. Izbrana sol se lahko razlikuje, odvisno od tega, ali je treba detergent natrijevega dodecil sulfata (SDS) oboriti iz prejšnjega koraka; kalijev dodecil sulfat, na primer, je netopen in se bo oboril, zato lahko z uporabo kalijevega acetata v alkalni lizi odstranimo SDS, preden dodamo etanol / izopropanol. Etanol lahko uporabimo tudi za obarjanje RNA iz skoraj istih razlogov, čeprav bo za obarjanje RNA običajno potrebno več etanola.