Gelna elektroforeza je tehnika, ki omogoča analizo DNK na ravni sestavnih molekul. Pri tej metodi vizualizacije DNA vzorce položimo na medij agaroznega gela in na gel nanesemo električno polje. Zaradi tega se fragmenti DNA selijo skozi gel z različno hitrostjo v skladu z njihovimi elektrokemijskimi lastnostmi.
Etidijev bromid
Za to tehniko vizualizacije se etidijev bromid pred elektroforezo zmeša z agaroznim prahom, pufrom EDTA in vodo, da se tvori gelna matrica. Posledično se molekule etidijevega bromida enakomerno razpršijo po celotni matrici. Ko se jamice gela napolnijo z ustreznimi vzorci DNK in barvili za sledenje, se napetost začne počasi vrisovati velike polarne spojine čez matrico.
Med tem gibanjem se baze molekul DNA začasno vežejo na delce zaradi naboja etidijevega bromida in jih vlečejo naprej. Ko je elektroforeza v gelu končana, je vsaka molekula DNA pobrala znatno količino etidijevega bromida.
V prisotnosti ultravijolične svetlobe etidij bromid kaže fluorescenco. Tehniki skozi gel svetijo posebej kalibrirano UV svetlobo, medtem ko stroj zajema sliko žarečih drobcev.
Metilen modra
Če UV-razsvetljevalnik ni na voljo ali je praktičen, lahko tehniki omogočijo, da je DNK vidna v normalnih pogojih z namakanjem končnega agaroznega gela z elektroforezo DNA v notranjosti čez noč v raztopini metilen modre.
Kloridna sol z znatno hidrofobnim anionom, molekule metilen modrega prodrejo skozi celotno matriko gela. Vendar vodikova vez v celotni DNA povzroči kopičenje molekul madežev. Ta povečana gostota madežev DNA daje globlji odtenek modre, ki je viden s prostim očesom.
Sledenje barvil
Poleg relativne velikosti pasov DNA lahko tehniki izmerijo absolutno velikost (v parih baz) vsakega fragmenta s pomočjo kemikalij, imenovanih barvila za sledenje. Vidne brez dodatka metilen modrega ali etidijevega bromida, se sledilna barvila, kot sta bromofenol modro in ksilen cianol, premikajo po aragozne gelne matrice med elektroforezo z enako hitrostjo kot fragmenti DNA, sestavljeni iz 300 nukleotidov in 4000 nukleotidov, oz. Pri elektroforezi masivnejši fragmenti DNA potujejo po gelski matrici počasneje kot manjši fragmenti. Torej, medtem ko sledenje barvil neposredno ne vpliva na vidnost fragmentov DNA, primerjava položaja fragmenta DNA v gelu do položaja teh barvil omogočajo tehnikom, da "vidijo" približno število nukleotidov fragment DNA vsebuje.