Western blot je eden najpogostejših postopkov v biokemičnih laboratorijih. V bistvu loči beljakovine od vzorca po velikosti, nato pa s pomočjo protiteles testira, da ugotovi, ali je določena beljakovina prisotna. Uporaben je ne samo v raziskavah, temveč tudi v medicinskih ali diagnostičnih laboratorijih; testi na HIV in lymsko boreliozo, na primer, vključujejo test z encimskim imunskim testom (ELISA), ki mu sledi Western blot, če je test ELISA pozitiven. Kljub svoji priljubljenosti pa ima Western blot več pomanjkljivosti.
Nekvantitativno
Klasični zahodni madeži niso količinski. Z drugimi besedami, čeprav lahko raziskovalcem povedo, ali je določena beljakovina prisotna, ne omogočajo kvantificiranja količine beljakovin. Nekatera biotehnološka podjetja zdaj prodajajo komplete, ki raziskovalcem ali laboratorijskim tehnikom omogočajo količinsko določitev količine beljakovine, prisotne po standardni krivulji - vendar to deluje le, če so čisti vzorci iste beljakovine na voljo. Poleg tega je mogoče molekularno težo beljakovin oceniti le z Western blot-om, namesto da bi ga natančno določili kot pri masni spektrometriji.
Protitelesa
Western blot se lahko izvede le, če so na voljo primarna protitelesa proti beljakovinam, ki nas zanimajo. Protitelesa za številne različne beljakovine so sicer na voljo pri biotehnoloških podjetjih, vendar niso poceni; če za določeno beljakovino niso na voljo primarna protitelesa, ne bo mogoče izvesti Western blot-a, ki bi iskal to določeno beljakovino. Poleg tega bodo raziskovalci morda želeli ugotoviti, ali je bil protein na nek način spremenjen - če je bil fosforiliran (je imel fosfatna skupina), in s tehniko Western blot potrebujejo protitelesa, specifična za spremenjene beljakovine.
Usposabljanje
Pravilno izvajanje Western blota in doseganje dobrih rezultatov je lahko izziv, zato mora biti osebje dobro usposobljeno. Tako kot pri mnogih drugih je izkušnja morda najboljši učitelj; tudi za izkušenega tehnika pa Western blot zahteva veliko časa. Na primer, del poskusa z gelsko elektroforezo običajno traja od ene do dveh ur. Med izvajanjem gela je seveda mogoče izvajati tudi druge naloge, vendar poskus vseeno traja kar nekaj časa, da dosežemo rezultate.
Druge omejitve
Protitelesa lahko včasih kažejo neko neciljno vezavo, kar lahko povzroči slabše rezultate. Poleg tega pri Western blot-u uporabljate protitelo proti določeni beljakovini, zato vam bodo rezultati pokazali samo, ali je bil ta protein prisoten. Masna spektrometrija visoke ločljivosti nasprotno razkriva vse beljakovine, ki so prisotne v vzorcu, in za razliko od klasičnega Western blot-a je kvantitativna. Pomembno je vedeti, da je masna spektrometrija veliko dražja in tudi tehnično zahtevnejša za uporabo v primerjavi z Western blot-om.