Mikrobiologija je preučevanje mikrobov. "Mikrob" je izraz, ki vključuje vse enocelične organizme - bakterije in arheje, protiste in nekatere glive; nekaj zelo majhnih večceličnih organizmov; in neorganizemskim življenjskim pojavom, virusom, prionom, virionom in viroidom. Številni mikroskopski organizmi tvorijo kolonije. Posamezniki v nekaterih kolonijah izvirajo iz iste starševske celice. V drugih se posamezniki, ki živijo prosto, združujejo in v določenih fazah življenjskega cikla tvorijo kolonije.
Videti nevidno
Medtem ko so kolonije sestavljene iz mikroskopskih entitet, je sama kolonija pogosto vidna. Mikrobiologija za raziskave in diagnostiko uporablja celično kulturo - namerno rast kolonij, zlasti bakterij in gliv. To vključuje dajanje vzorcev mikrobov ali kužnega materiala v raztopino na plošče rastnega medija in njihovo inkubiranje določeno obdobje. Nato mikrobiolog preuči barvo, obliko, robove in značilnosti površin kolonij kot prvi korak pri prepoznavanju mikrobov.
Agent in gostitelj
Escherichia coli je zelo pogosta bakterija, ki tvori kolonije. Običajno je prisoten v črevesju mnogih vretenčarjev in v blatu večine vretenčarjev, nekateri virulentni sevi pa povzročajo hude bolezni. E. kolonije coli so znana lastnost mikrobioloških laboratorijev zaradi pomena te bakterije za zdravje ljudi in živali. Uporabljajo se tudi za preučevanje aktivnosti različnih virusov, ker E. celice coli so same žrtve drugih mikrobov.
Vodna skupnost
Carchesium so rod ciliranih sladkovodnih in morskih praživalih. Zberejo se v drevesaste kolonije, dokler je popolnoma vidna osmina palca. Kolonije sestavljajo stotine posameznikov, ki se gibljejo skupaj kot en sam organizem. Kolonije se raje pritrdijo na propadajoče rastlinske snovi, kjer se hranijo z bakterijami, toda nastale bodo na drugih površinah, vključno s kožami živih morskih živali.
Vodna sluz
Klorofiti so enocelične sladkovodne zelene alge. Nad potopljenimi predmeti ali na vodni površini lahko tvorijo kolonije, ki so videti kot živi listi zelene ali rdeče sluzi. Hydrodictyon je rod kolonialnega klorofita. Imenuje se "vodna mreža", v njem pa nastajajo množice manjših, novih celic v velikanskih, širijočih se matičnih celicah, ki lahko same tvorijo kolonije.
Hoja Slime
Kalupi za sluz vključujejo tri nepovezane vrste, ki so vse razvrščene kot protisti, čeprav so nekatere večcelične. Mladost preživijo kot svobodno živeči, amebi podobni posamezniki. Vendar se ti posamezniki pod določenimi pogoji združijo v eno celoto z različnimi deli telesa, ki jih tvorijo različni nekdanji amebi. Kalupi iz sluzi so dolgo veljali za popolne primere kolonialnih mikroorganizmov, vendar nadaljnje študije kažejo razkrila, da so kolonialne faze veliko bolj podobne večceličnim organizmom kot drugim mikrobnim kolonije.