Gelna elektroforeza je ena glavnih metod, ki se v molekularni biologiji uporablja za analizo DNK. Ta metoda vključuje migracijo fragmentov DNA skozi gel, kjer se ločijo na podlagi velikosti ali oblike. Vendar tudi znanstveno dober način, kot je elektroforeza v gelu, ni odporen na napake.
Kako deluje elektroforeza
•••Jezperklauzen / iStock / Getty Images
Gel elektroforeza vključuje uporabo gela, ki je običajno izdelan iz polimerov, kot je agaroza. Gel je potopljen v pufersko raztopino, ki prevaja električno polje. Zanimiv vzorec DNA se najprej razdrobi z uporabo restrikcijskih encimov in nato vbrizga v gel. Ko je električno polje vklopljeno, se fragmenti DNA v gelu selijo proti pozitivni elektrodi. Če so fragmenti DNA različnih velikosti, bodo časi selitve različni za vsak fragment velikosti. Nato se fragmenti vizualizirajo z barvilom ali avtoradiografijo in so vidni kot trakovi v gelu.
Kontaminacija vzorca
•••aiaikawa / iStock / Getty Images
Glavna uporaba elektroforeze je orodje za analizo DNK v molekularni biologiji, uporablja pa se tudi v forenziki kot sredstvo za prepoznavanje vzorcev s kraja zločina. Pomembno je, da se viri napak v tej tehniki čim bolj zmanjšajo, da bi dobili natančne rezultate. En vir napake je kontaminacija vzorca DNA. Če je v vzorcu tuja DNA, bo imel gel več pasov, kot bi jih našli v gelu, ki vsebuje samo prečiščen vzorec.
Težave z gelom, tokom in pufrom
•••IndiaImages / iStock / Getty Images
Tudi koncentracija gela mora biti pravilna, da ne pride do napak. Če je koncentracija previsoka ali prenizka, se bodo drobci selili prepočasi ali prehitro. To bo povzročilo napake pri razreševanju različnih pasov. Med delovanjem elektroforeze je treba paziti, da je napetost enakomerna. Vsako nihanje napetosti bo povzročilo nestabilno migracijo fragmentov DNA, kar bo privedlo do napak pri branju pasov. Tudi puferska raztopina mora biti pravilne sestave, saj bo pufer z napačnim pH ali ionsko koncentracijo spremenil obliko fragmentov DNA in spremenil tudi njihove migracijske čase.
Pravilna vizualizacija
•••Ingram Publishing / Ingram Publishing / Getty Images
Najpomembneje je, da je treba gel pravilno vizualizirati. Če je koncentracija barvila ali radioaktivne sonde, ki se uporablja za vizualizacijo vzorcev, previsoka, bo nastala slika zelo neurejena, saj bodo vidni tudi ostanki drobcev. Če je koncentracija gela prenizka, vizualizacije ne bo. Ko se bodo v vseh fazah upoštevali pravilni postopki, bo gelska elektroforeza dala natančne rezultate in jih bomo lahko uporabljali z veliko samozavestjo. Kot pri vseh znanstvenih postopkih je tudi v gelni elektroforezi nagnjenost k napakam, ki pa jih je s pravilno pripravo in ravnanjem mogoče čim bolj zmanjšati.
