Filogenetsko drevo je grafična predstavitev evolucijskih odnosov, ki dokazuje, kako so se lahko organizmi ločili od skupnega prednika. Prej je bilo to narejeno s primerjavo anatomije in fiziologije živih organizmov in fosilov, zdaj pa se pogosto uporabljajo genetske informacije, pridobljene iz DNA nukleotidnih zaporedij. Na ločenih "vejah" filogenetskega drevesa najdemo organizme z malo podobnostmi, tiste s posebnimi podobnostmi pa na "vejicah" iste veje. Filogenetsko drevo je metoda za razumevanje vrst in evolucijske spremembe v organizmih.
Izberite model organizma za primerjavo odnosov. To lahko storimo z vrsto, pasmo ali nukleotidnim zaporedjem, ki predstavlja organizem. Primer organizma je lahko krava. Preostanek drevesa bi pokazal, kako tesno je krava povezana z drugimi organizmi na podlagi genetskih lastnosti.
Izberite skupino. Outgroup je manj soroden organizem ali bistveno drugačno nukleotidno zaporedje. Če je vzorčni organizem krava, bi bila možna skupina rib. Bolj ko se različna dva organizma razlikujeta, dlje na filogenetskem drevesu bo njihova različna veja. Čas je predstavljen z najstarejšim datumom na dnu grafikona, današnji dan pa na vrhu grafikona. Namestitev vej kaže približno, kdaj je v preteklosti evolucijska lastnost verjetno spremenila organizem prednikov v različne vrste.
Določite niz značilnosti, ki jih želite uporabiti za primerjavo. Primeri vključujejo "ima štiri noge", "žveči", "rodi živo" ali "zraste dlake". Nukleotidna zaporedja so pravična abecedne predstavitve DNA, ki določajo značilnosti, zato bi bila druga možnost: "vsebuje zaporedje ATGGACACGGA. "
Razdelite organizme glede na značilnosti. Kadar en organizem ne vsebuje želene lastnosti, se v filogenetskem drevesu naredi veja. Karakterističen izraz „ima štiri krake“ bi imel krave, ovce in jelene na eni veji, ribe pa na ločeni. Sliko ali zaporedje krave prilepite v zgornji kot deske in v nasprotni kot ribe ter od njiju na dnu papirja v sekajoči se obliki črke V potegnite dve črti.
Nadaljujte z ločevanjem modelnih organizmov ali nukleotidnih zaporedij, dokler se vsak primer ne loči od veje v vejico. Značilnost „ima volno“ ločuje ovce od jelenov in krav na posamezno vejo. Postavite podobo ovac blizu slike ribe in narišite črto, ki se v obliki črke V poveže do veje krave. Uporaba značilnosti "ima puhast rep" bi razmejila kravo od jelena. Sliko jelena prilepite med kravo in ovco in narišite drugo črto v obliko V, ki seka nad črtami rib in ovac. Ko ima vsaka vrsta eno vejo, je filogenetsko drevo dokončano.