Analiza DNA vključuje različne vrste molekularnih poskusov in bioloških postopkov. DNK je krhka in zapletena surovina, zato je za ravnanje z njo in njeno analizo potrebna najkakovostnejša in najčistejša priprava kemikalij. Glede na analizo je pri preučevanju DNK vključenih na stotine kemikalij, od kislih in bazičnih raztopin do puferjev in barvil. Razumevanje, zakaj se uporabljajo nekatere kemikalije, je ključnega pomena za izvedbo uspešnih poskusov in doseganje natančnih, zanesljivih in ponovljivih rezultatov.
Etilendiamintetraacetat za čiščenje DNA
Za znanstveno delo se očistijo tri vrste DNA: DNA iz genoma (genomska DNA), celotna DNA iz celice (celotna DNA) ali iz plazmidov, ki se lahko samopomnožijo. Za popolno čiščenje DNA celic se uporabljajo kemikalije, ki omogočajo uničenje številnih membran celice med lizo celic. Kemikalija etilendiamintetraacetat (EDTA) se pogosto uporablja za odvzem magnezijevih ionov, ki so potrebni za vzdrževanje togost celičnih sten, zaradi česar te oslabijo do te mere, da se porušijo ali raztrgajo, sproščajo vsebino celice in DNA za analiza. Poleg tega EDTA ščiti in ohranja integriteto DNA z zaviranjem encimov, ki so običajno prisotni v celici, ki lahko fragmentirajo DNK in postanejo neuporabni.
Magnezijev klorid za ojačanje DNA
Verižna reakcija s polimerazo (PCR) je izpopolnjena analitska metoda, ki se uporablja za množenje več tisoč kopij molekule DNA, vendar je polna tehničnih težav in netočnosti. Mnogi znanstveniki zato rutinsko izvajajo več različnih sklopov PCR, da bi našli najbolj optimalno stanje in parametre za določen gen, ki nas zanima. Ena izmed kemikalij, ki se uporablja za takšno optimizacijo, je magnezij, ki stabilizira encim DNA polimerazo, ki se uporablja v PCR, in deluje kot bistveni faktor za delovanje encima. Za PCR se magnezij uporablja v obliki pufra za magnezijev klorid.
Etidijev bromid za obarvanje DNA
Etidijev bromid je barvilo, ki se na DNA veže tako, da zdrsne med nukleotide, ki tvorijo dvojno vijačnico DNA v postopku, znanem kot interkalacija. To barvilo lahko nato osvetlite z ultravijolično svetilko, tako da je mogoče vizualizirati DNK, na katero je bil vezan etidijev bromid. Da pa je etidijev bromid pravilno viden, je potreben vsaj 1 nanogram DNA, zato je to eden od načinov za odkrivanje s PCR ojačane DNA. Čeprav je poceni in se pogosto uporablja, je tudi mutagena kemikalija, za katero je znano, da povzroča raka, zato je njena uporaba v laboratorijih zelo urejena in mnogi znanstveniki prehajajo na uporabo manj strupenih alternativ.