Za razliko od jezer in ribnikov so reke odprti sistemi, kjer se pogosto dogaja izmenjava vode. Kljub temu pa organizmi, ki so odvisni od rek, potrebujejo nekaj ravnovesja. Različni kazalniki merijo kakovost reke. Te meritve vključujejo raztopljeni kisik, temperaturo in pH, kar je merilo koncentracije vodikovih ionov.
Lestvica za merjenje pH se giblje od 0 do 14 s 7 ali manj, ki predstavlja kislo okolje, odčitek nad 7 pa kaže na alkalno okolje.
Študija, objavljena v reviji Nature, je neposredno povezala kislost v norveških rekah in jezerih s kislim dežjem, ki je zdesetkal lokalne populacije lososa in postrvi.
Nizke ravni pH povzročajo ubijanje rib s poudarkom na živalskih sistemih in fizično škodo, zaradi česar so bolj občutljive na bolezni.
Drugi zunanji dejavniki, ki lahko povzročijo nihanje pH reke, so kmetijski odtok in kisli rudnik drenažo (AWD) in emisije fosilnih goriv, kot je ogljikov dioksid, ki pri raztapljanju v reki ustvari šibko kislino vode.
Preskušanje ravni pH kaže na kislost ali alkalnost vzorca. Reke imajo nekaj sposobnosti, da preprečijo spremembe pH zaradi strukture in sestave struge. Drastične spremembe pH pa lahko škodljivo vplivajo na zdravje rek.