Fosilni zapisi kažejo, da raznolikost vrst na planetu še nikoli ni bila stabilna. Namesto tega se je raznolikost v naravnih ciklih, ki so trajali več deset milijonov let, naraščala in upadala. Problem, s katerim se ljudje danes soočajo, je ocenjena stopnja izgube vrst, ki je skoraj 1000-krat večja kot v preteklosti. Upad biotske raznovrstnosti zajema več kot le izgubo vrst. Vključuje tudi izgubo genske raznolikosti znotraj vrst in izgubo ekosistemov. To lahko pomeni, da je biotska raznovrstnost škodila in ne izgubila v celoti. Ljudje že od nekdaj izkoriščamo naravo, a ker se je svetovna populacija v zadnjih stoletjih eksponentno povečala, tudi vpliv človeštva na biotsko raznovrstnost.
Prekomerno izkoriščanje
Številne živalske, nevretenčarske in rastlinske vrste so zaradi izkoriščanja človeka izumrle ali ogrožene. Ljudje izkoriščamo naravne vire za hrano, šport, gradbeni material, zdravila in kulturne namene - in to z veliko več opuščanja, preden je družba postala bolj okoljsko ozaveščena. Poskusi človeštva za razumevanje okolja so se začeli pred približno 160 leti, vprašanja biotske raznovrstnosti pa so postala del javne razprave šele konec 20. stoletja. V tem času je že prišlo do velikega upada biotske raznovrstnosti. Upad biotske raznovrstnosti se nadaljuje zaradi hitro naraščajoče človeške populacije. Habitat je poškodovan, da bi zadostil naraščajočim potrebam po kmetijstvu, urbanem razvoju, vodi in materialih. Ribe, prosto živeče živali in rastline so prekomerno nabrani, kljub vse večjim dokazom, da so številne nabiralniške prakse nevzdržne.
Onesnaževanje in globalno segrevanje
Onesnaževanje kopenskih in vodnih ekosistemov s fizičnimi onesnaževali, kot so kemikalije, svetloba in hrup, pa tudi z biološkimi onesnaževal v obliki invazivnih vrst in bolezni, je povzročilo degradacijo ekosistema s spreminjanjem raznolikosti vrst in biomaso. Znanstvena skupnost ostaja razdeljena glede tega, ali onesnaževanje zraka, skupaj z odstranjevanjem gozdov, spodbuja globalno segrevanje. Ne glede na vzrok hitra hitrost sedanjega globalnega segrevanja predstavlja problem za biotsko raznovrstnost. Verjetno se številne vrste ne bodo imele časa, da se prilagodijo spreminjajočim se habitatnim razmeram in bodo tako omejene na manjše dele svojega prvotnega habitata ali izumrle. Znanstveniki napovedujejo, da bodo podnebne spremembe povečale pogostnost naravnih motenj in ustvarile večji stres za biotsko raznovrstnost.
Izguba odpornosti ekosistema
Vsakič, ko ljudje poškodujejo ekosistem, povečajo tudi verjetnost upadanja biotske raznovrstnosti kot odziv na prihodnje okoljske spremembe. Zdravi ekosistemi imajo lastnosti, ki jih varujejo pred okoljskimi spremembami. Te značilnosti vključujejo gensko raznolikost znotraj in med vrstami; povezljivost ekosistema, izraz, ki se nanaša na količino nedotaknjenega habitata, ki je na voljo rastlinam in živalim; in razširjena geografska porazdelitev prebivalstva. Raznolik genski sklad zagotavlja, da bodo nekateri pripadniki vrste imeli lastnosti, ki jim bodo omogočile, da preživijo spremembe. Povezljivost habitata zagotavlja, da se posamezniki v stiski lahko preselijo v boljši življenjski prostor. Prebivalstvo, ki se razprostira na velikem geografskem območju, je manj občutljivo na lokalne motnje v primerjavi s prebivalstvom, katerega obseg je omejen na majhno območje. Sposobnost današnjih ekosistemov za varovanje okoljskih sprememb, kot je globalno segrevanje, se je znatno zmanjšala s preteklimi človeškimi dejanji.
Težave s politiko
Znanstvene raziskave in spremljanje biotske raznovrstnosti sta draga, zato se preučuje le majhen odstotek biotske raznovrstnosti na svetu. Ljudje slabo razumemo trenutno stanje biotske raznovrstnosti in manj razumemo, kako je bila biotska raznovrstnost videti pred vplivom človeka. Natančna ocena obsega upadanja biotske raznovrstnosti je zato omejena. Zaradi pomanjkanja znanstvenih dokazov, ki bi jih lahko predstavili oblikovalcem politik, na političnem prizorišču pogosto primanjkuje podpore strogim okoljskim zakonom. Socialni in ekonomski stroški, povezani z okoljsko zakonodajo, so v nekaterih sektorjih skupnosti višji, zato je izvajanje takšnih zakonov sporno vprašanje. Zaradi teh težav se zakoni o zaščiti biotske raznovrstnosti počasi razvijajo in so pogosto neustrezni.