Obstaja veliko različnih vrst ekosistemov. Vodni ekosistemi predstavljajo velik del svetovnih ekosistemov in jih lahko razvrstimo bodisi v sladkovodne ekosisteme bodisi kot morske ekosisteme. Prebivalci katere koli vrste ekosistema bodo prilagojeni preživetju v določenih pogojih, ki jih predstavlja ta ekosistem.
Ekosistem je skupnost, ki jo združujejo zapletene interakcije med biotskimi in abiotskimi dejavniki na določenem območju. Biotski dejavniki ekosistema so živi deli, kot so rastline, živali, bakterije in glive. Med abiotske dejavnike sodijo tla, voda in drugi neživi predmeti, ki so prisotni v okolju. Ekosistem je lahko velik kot puščava ali majhen kot plimski bazen. Živih bitij bo le toliko, kolikor jih bo lahko podprla preskrba s hrano. Interakcije, kot so plenilec-plen in odnosi s hrano, določajo populacijo ekosistema. Vsako živo bitje mora izpolniti svojo vlogo, ki prispeva k splošnemu uspehu in preživetju ekosistema.
Izraz morski se nanaša na ekosistem, povezan z oceani. Po podatkih Agencije za varstvo okolja EPA morski ekosistemi predstavljajo približno 70 odstotkov svetovnih ekosistemov. Morski ekosistemi so edinstveni zaradi suspendiranih raztopljenih spojin v vodi, predvsem soli. Tako majhni organizmi kot mikroskopski plankton in veliki kot kiti naseljujejo različne vrste morskih ekosistemov. Morski ekosistemi vključujejo oceane, rečna ustja in slana močvirja, koralne grebene, mangrovske gozdove, lagune, morske trave alg in območje med morskimi plima, ki se razprostira na plažah.
Obstaja veliko vrst sladkovodnih ekosistemov. Reke, jezera, ribniki in potoki so najpogostejši sladkovodni viri. Rezervoarji, mokrišča in viri podtalnice se štejejo tudi za sladkovodne ekosisteme. Sladkovodni ekosistemi v vodi ne vsebujejo enakih raztopljenih snovi kot morski ekosistemi, zato živali in rastline, ki tam živijo, v morskem ekosistemu ne bi preživele. Ker sladka voda ne vsebuje soli, je bolj dovzetna za zmrzovanje in odtajanje. Sladkovodne rastline in živali so se prilagodile preživeti ta proces. Imajo tudi dihalne strukture, prilagojene posebej za sladkovodne vode, in so razvili reproduktivno in prehranjevalno vedenje, ki jim omogoča uspešno preživetje v okolju.