Patogeni so mikrobi, ki pri njihovih gostiteljih povzročajo bolezni. Medtem ko se rastline običajno bolj bojijo patogenih gliv, ki se prenašajo s tal, kot pa bakterijskih bolezni, ki jih prenašajo z zemlje, pa različne patogene bakterije, ki živijo v tleh, povzročajo bolezni tudi pri rastlinah. Preveč je vrst patogenov rastlin v tleh, da bi jih lahko vse našteli, vendar je nekaj najpomembnejših ali najpogostejših. Nekaj vrst bakterij v tleh se lahko izkaže za nevarne ali celo smrtonosne tudi za ljudi.
Clostridium botulinum
C. botulinum je gram-pozitivna bakterija (tj. bakterija, ki je pozitivna na Gramovem testu), ki tvori trpežne, trpežne spore. Ko spore najdejo ustrezne pogoje, kalijo in začnejo rasti. Lahko proizvedejo smrtonosni protein, imenovan botulinski toksin, ki pri ljudeh in drugih sesalcih deluje na živčni sistem, da blokira sproščanje ključnega nevrotransmiterja, imenovanega acetilholin. C. Spore botulina najdemo v tleh in vodi v številnih regijah po svetu. So anaerobni in rastejo le v odsotnosti kisika; kisle razmere zavirajo njihovo rast. Čeprav je C. botulinum včasih povzroči usodne primere bolezni, ki se prenaša s hrano, imenovane botulizem, močan toksin, ki ga proizvaja bakterija je postala koristna tudi za ohromitev mišičnega tkiva pri ljudeh kot del različnih medicinskih ali kozmetičnih izdelkov postopki. Ko se botulinski toksin uporablja kot terapevtsko sredstvo, je znan po svojem trgovskem imenu Botox.
Erwinia carotovora
E. carotovora je zelo uničujoč patogen, ki povzroča bolezni pri številnih rastlinah, vključno s krompirjem in večino druge mesnate zelenjave. Ta gram negativna bakterija v obliki palice lahko napade poljščine na polju ali med skladiščenjem. Podvrsta E. carotovora carotovora dobro preživi v tleh in površinskih vodah; lahko raste v koreninskih območjih številnih drugih nehostnih posevkov ali celo plevelnih vrst, napadi krompir ali druge ranljive poljščine, kadar se mu ponudi priložnost. Pogoste bolezni krompirja, ki jih povzroča E. carotovora vključujejo črno nogo, zračno gnilobo stebla in gnilobo gomolja.
Streptomyces garje
Streptomyces garja je gram pozitivna bakterija, ki skupaj z dvema vrstama Streptomyces (S. acidiscabies in S. turgidiscabies) lahko okuži krompir in druge korenovke, kot so pesa, redkev, repa, korenje in pastinak. Nenavadno je, da celice, ko rastejo, tvorijo filamente, podobne tistim, ki jih tvorijo glive - čeprav veliko manjše. Filamenti S. garja se lahko nato odlomi in tvori spore. Bakterije se širijo z napadom na mlada, sveža tkiva in dostopom do starejših tkiv z ranami ali naravnimi odprtinami.
Xanthomonas
Xanthomonas je rod, ki vključuje številne pomembne rastlinske patogene. Čeprav v zemlji ne vztrajajo zelo dolgo, lahko nekatere vrste v tleh preživijo čez zimo in spomladi okužijo nov pridelek. Kot vse druge proteobakterije so tudi gramnegativne. Vrsta X. campestris povzroča črno gnilobo pri najrazličnejših rastlinah in je morda najpomembnejši član rodu. Ironično je, da isto bakterijo komercialno gojijo za proizvodnjo ksantanskega gumija, običajnega aditiva za živila.