Mikroskopi nam pomagajo videti predmete tako majhne, da jih človeško oko sicer ne bi videlo. So pa zelo občutljivi in se ob zlorabi ali padcu pogosto zlomijo. Pravilna uporaba mikroskopa je najpomembnejša za zagotavljanje dobrih rezultatov in ohranjanje njegovega stanja. Pravilna nega lahko močno podaljša življenjsko dobo mikroskopa in lastniku prihrani denar.
Prva stvar, ki jo potrebujete, je diapozitiv z vzorcem. Na vzorec dajte kapljico vode, medtem ko je na drsniku, nato pa na vzorec položite pokrovček. Ne spustite pokrova neposredno na drsnik, sicer se bodo pod drsnikom na koncu pojavili mehurčki. Postavite en rob pokrovčka na eno stran vzorca, nato pa spustite drugo stran čez primerek.
Diapozitiv postavite na oder mikroskopa in ga pritrdite s sponkami. Za najdbo vzorca uporabite najnižji objektiv, ki je najbolj oddaljena leča od drsnika. Vedno začnite s to povečavo. Ko najdete vzorec, ga centrirajte tako, da drsnik premikate zelo počasi. Če želite, da se vzorec premakne navzdol proti sredini, morate drsnik premakniti navzgor. Enako z desno in levo: drsnik morate premakniti v nasprotni smeri, v katero želite, da gre vzorec. Ko svoj primerek najdete in centrirate, ga lahko začnete povečevati.
Ko osredotočite vzorec, spremenite cilj v srednjega in ga poskusite znova centrirati. Če cilja izgubite izpred oči, se boste morali vrniti na nizko porabo in ga znova najti. Če ste svoj cilj našli na srednji moči, poskusite omejiti količino svetlobe mikroskopa, da boste lažje videli podrobnosti vzorca. Živi osebki ne marajo svetlobe, zato ste z manj svetlobe pogosto uspešnejši pri iskanju primerka. Če se odločite za visoko moč, usmerite objektiv in znova preklopite. Ne uporabljajte grobe nastavitve ostrenja pri visoki moči, ker mora leča komaj očistiti drsnik. Če uporabite grobi fokus, lahko na koncu poškodujete lečo, primerek in drsnik. To ne bi smelo biti veliko vprašanje, saj znanstveniki pogosto uporabljajo nižje ali srednje cilje.