Pri gélovej elektroforéze sa vzorky DNA alebo proteínov separujú - zvyčajne na základe veľkosti - pomocou elektrického poľa, ktoré spôsobuje ich migráciu cez gél. Používanie gélovej elektroforézy je v laboratóriách biomedicínskeho výskumu bežné a používa sa na zodpovedanie rôznych otázok, takže neexistuje skutočne univerzálny spôsob analýzy výsledkov.
Zahŕňajú napríklad rôzne techniky, ako je Western blot, Northern blot a Southern blot gélová elektroforéza.
Ak robíš agarózový gél elektroforéza vzoriek DNA, najbežnejší druh postupu, je zvyčajne potrebné urobiť aspoň dve veci: 1) rozlíšiť nezostrihané plazmidy z inzertov, vrúbkované plazmidy a narezané plazmidy a 2) odhadnite veľkosť rôznych fragmentov DNA štandardnou krivkou Excel alebo kalkulačka.
Skontrolujte svoj laboratórny notebook a zistite, ktoré vzorky boli načítané do ktorých pruhov. Keď ste vložili jamky pre váš gél, mali ste si všimnúť identitu každého pruhu / vzorky.
Pomocou pravítka zmerajte vzdialenosť na vašom obrázku od jamiek po stopovacie farbivo, ktoré bude putovali ďalej ako ktorékoľvek z DNA pásov (inými slovami, budú v dolnej časti DNA) gél). Zaznamenajte si toto číslo - použité jednotky nie sú dôležité.
Zmerajte vzdialenosť na obrázku od jamiek po každý z pásov v „rebríku“, potom túto vzdialenosť vydelte vzdialenosťou, ktorú prešiel stopovacie farbivo pásmo. Tento výpočet poskytuje relatívnu mobilitu každého pásma.
Príklad: Predpokladajme, že pás sledovacieho farbiva prešiel 6 palcov a máme tri pásma, ktoré prešli 5, 4,5 a 3,5 palca.
Aká je ich relatívna mobilita? Odpoveď: Rozdelíme 5, 4,5 a 3,5 na 6, aby sme dosiahli relatívnu mobilitu 0,833, 0,75 a 0,5833.
Výrobca vám dáva veľkosť každého fragmentu v rebríkoch, ktoré dodávajú, takže tieto informácie by ste už mali mať.
Pomocou funkcie Trendline vo svojom tabuľkovom procesore prispôsobte rovnicu údajom. Táto rovnica by mala byť výkonovou rovnicou (napr. X ^ -2) a mala by pomerne dobre zodpovedať údajom (R-koeficient najmenej 0,9). Takto sa vytvorí krivka a štandardná krivka Excel.
Pamätajte, že menšie fragmenty DNA prechádzajú gélom ďalej ako veľké fragmenty DNA, takže najbližšie k stopovaciemu farbivu budú najmenšie. Upozorňujeme však, že ak plazmid (kruhová) DNA je nerozrezaná, stane sa „navinutou“ alebo skrútenou ako telefónny kábel, čo v skutočnosti spôsobí jej cestovanie ďalej ako lineárna DNA rovnakej veľkosti.
Rovnako pôjde „ryhovaný“ plazmid, ktorý bol neúplne rozrezaný, a kratšie vzdialenosť ako lineárna DNA rovnakej veľkosti. V dôsledku toho nemôžete odhadnúť veľkosť nerozrezaných plazmidov z vášho gélu.
Porovnajte pásy v každom pruhu s identitou vzorky, ktorú ste vložili do tohto pruhu, a určte, či to, čo vidíte, je to, čo by ste očakávali. To bude závisieť od povahy vášho experimentu.
Všeobecne však platí, že ak by ste inzertný plazmid štiepili dvoma reštrikčnými enzýmami, dalo by sa očakávať, že by sa inzert z plazmidu uvoľnil.
Pretože je oveľa menší ako plazmid, očakávali by ste, že v tomto pruhu uvidíte dva pásy, jeden zhora a druhý dole dole. Plazmid štiepený iba jedným reštrikčným enzýmom by mal tvoriť iba jediný pás, ktorý sa pohybuje o niečo ďalej ako plazmid štiepený dvoma reštrikčné enzýmy, ale zďaleka nie až po vložku.
Zmerajte vzdialenosť od jamiek k narezanému plazmidu a pomocou pravítka vložte pruhy. Vydeľte tieto čísla vzdialenosťou, ktorú ušlo sledovacie farbivo, aby ste našli relatívnu pohyblivosť inzertov a rozrezaných plazmidov.