Mikroskop sa používa v rôznych vedeckých odboroch na rôzne účely. Či už je to v súdnom lekárstve alebo v tradičnej lekárskej vede, mikroskop je nepostrádateľným nástrojom.
Analýza tkanív
Je bežné, že histológovia študujú bunky a tkanivá pomocou mikroskopu. Napríklad, ak sa odoberie časť tkaniva na analýzu, môžu histológovia použiť mikroskop v kombinácii s inými nástrojmi na zistenie, či je vzorka rakovinová.
Skúmanie súdnych dôkazov
Dôkazy zhromaždené na mieste činu môžu obsahovať informácie, ktoré nie sú viditeľné voľným okom. Napríklad pruhovanie v guľkách je možné skúmať pod mikroskopom, aby sa zistilo, či sa zhodujú s guľkami vystrelenými z konkrétnej pištole.
Určenie zdravia ekosystému
Je bežné, že poľní biológovia sledujú zdravie konkrétneho ekosystému, napríklad potoka, pomocou mikroskopov na identifikáciu počtu a rozmanitosti organizmov v konkrétnom regióne čas.
Štúdium úlohy proteínu v bunke
Vedci z oblasti výskumu považujú mikroskopy za neoceniteľný nástroj pri štúdiu funkcie bielkovín v bunkách. Vďaka dnešnej technológii je možné veľa proteínov označiť štítkom a študovať ich v živých bunkách.
Štúdium atómových štruktúr
Výkonné mikroskopy, ako napríklad mikroskopy s atómovou silou, pomohli vedcom pri štúdiu povrchov jednotlivých atómov.