Medzi prokaryotickými a eukaryotickými bunkami je veľa rozdielov. Niektoré z týchto rozdielov sú štrukturálne, iné procesné. Dva z procesov, ktoré sa medzi prokaryotmi a eukaryotmi podstatne líšia, sú expresia génov a ich regulácia. Oba typy buniek prepisujú DNA na mRNA, ktorá sa potom prekladá do polypeptidov, ale špecifiká týchto procesov sa líšia.
Poloha
Prokaryotom chýbajú jadrá a ďalšie organely, ktoré sú špecializovanými oddielmi viazanými na membránu, zatiaľ čo eukaryoty ich majú. Slovo „eukaryot“ v skutočnosti znamená „skutočné jadro“. U eukaryotov je genóm bunky lokalizovaný v jadre. K transkripcii teda dochádza v jadre a transkript mRNA sa následne exportuje cez jadrové póry (póry v jadrovom obale) do cytoplazmy na transláciu. Naproti tomu prokaryotická transkripcia a translácia nie sú priestorovo alebo časovo segregované.
Začatie prepisu
Promótorové prvky sú krátke sekvencie DNA, ktoré sa viažu na transkripčné iniciačné faktory bunky. Prokaryoty majú tri promótorové prvky: jeden, ktorý je proti smeru transkripcie génu, jeden, ktorý je 10 nukleotidov za ním a jeden, ktorý je 35 nukleotidov za ním. Eukaryoty majú oveľa väčšiu skupinu promótorových prvkov, primárnou je TATA box. Eukaryotické iniciačné faktory transkripcie zostavujú iniciačný komplex, ktorý sa na konci iniciácie disociuje. Prokaryotické iniciačné faktory transkripcie nezostavujú iniciačný komplex.
Ribozómy
Ribozómy sú miesta translácie zložené z RNA a proteínu, ktoré sa viažu na bunkovú mRNA a tRNA. Prokaryoty majú 70S ribozómy, zatiaľ čo eukaryoty majú 80S ribozómy. „S“ označuje sedimentačný koeficient, mieru veľkosti, hmotnosti a tvaru častice. Ribozóm 80S sa skladá z podjednotky 40S a 60S, zatiaľ čo ribozóm 70S sa skladá z podjednotky 30S a 50S.
Polycistronická mRNA
Okrem toho, že majú prokaryoty a eukaryoty rôzne transkripčné a translačné mechanizmy, líšia sa svojou reguláciou génov. Eukaryotická regulácia je oveľa zložitejšia a často sa spolieha na rôzne mechanizmy spätnej väzby, vývojové procesy a faktory prostredia. Naproti tomu prokaryoty regulujú skôr celé metabolické dráhy než regulujú každý enzým osobitne. Bakteriálne enzýmy pre danú cestu susedia navzájom na bunkovej DNA a sú transkribované do jednej mRNA. Táto mRNA sa nazýva polycistronická mRNA. Keď bunka potrebuje viac alebo menej enzýmov dráhy, jednoducho transkribuje viac alebo menej mRNA tejto dráhy.