Neutrofilné a acidofilné heterotrofné baktérie tvoria väčšinu druhov baktérií. Výrazy „neutrofilné“ a „acidofilné“ označujú optimálnu hladinu pH bakteriálneho druhu - mieru kyslosti alebo zásaditosti látky. Napríklad ocot je kyslý a sóda bikarbóna ako základ. Stupnica pH sa pohybuje od 0 do 14, pričom 7 je pH čistej vody priamo v strede.
Neutrofilné heterotrofy
Väčšina baktérií, neutrofilov, žije v pôde alebo vo vode a rastie najlepšie pri neutrálnom pH medzi 6 a 8. Ak sa pH príliš pohybuje mimo tohto rozsahu, neutrofilné baktérie nemôžu prežiť. Väčšina baktérií, ktoré spôsobujú choroby u ľudí, sú tiež neutrofilné heterotrofy, vhodné na prežitie v ľudskom tele.
Acidofilné heterotrofy
Acidofilné baktérie rastú lepšie pri nižších hodnotách pH, zvyčajne pod pH 6, pretože majú biologické mechanizmy, ktoré im umožňujú udržiavať ich vnútorné pH takmer neutrálne. Kyslý odtok z baní - kontaminovaný, vysoko kyslý odtok z ťažobných oblastí - obsahuje veľkú populáciu acidofilov, ktoré oxidujú sulfid nachádzajúci sa v kovových rudách. Podľa Science Science Resource Center na Carleton College mala acidofilná ferroplazma nachádzajúca sa v odtoku kyslých mín hodnoty pH tak nízke ako nula.
Povinne acidofilné heterotrofy
Obligátne acidofily vyžadujú na prežitie nízke pH pod 4 alebo 5. Bunková membrána obligátnych acidofilov sa skutočne rozpúšťa pri neutrálnych úrovniach pH a spôsobuje bunkovú smrť. Mnoho povinných acidofilov sú tiež termofily - organizmy, ktoré rastú najlepšie pri vysokých teplotách - a bežne sa vyskytujú vo vulkanických pôdach. Thiobacillus ferrooxidans sa pravdepodobne radí k najčastejšie študovaným acidofilným baktériám oxidujúcim železo.