Jedným z klasických spôsobov stanovenia koncentrácie mikróbov vo vzorke je zriedenie vzorky, pestovanie mikróbov na platniach a počítanie kolónií. Pokovené mikróby vyrastajú z jednotky tvoriacej kolónie pozostávajúcej z jednej alebo viacerých buniek do viditeľnej kolónie, ktorú je možné vidieť a spočítať. Baktérie sú najbežnejším mikróbom na hodnotenie pomocou počtu doštičiek. Počty kolónií sa používajú na detekciu a počítanie mikróbov v pôde, vode a potravinách. Protokoly na počítanie kolónií zdôrazňujú presný a metodický prístup.
Riedenie vzoriek, pokovovanie a inkubácia
Ak jednoducho natriete vzorku mikróbu na misku s agarom, uvidíte toľko jednotiek tvoriacich kolónie, že sa jednotlivé kolónie zmiešajú, takže je nemožné ich spočítať. Na vyriešenie tohto problému zmiešajte vzorku s kvapalným médiom, odoberte malé množstvo tejto zmesi a ďalej ju riedte. Tento postup opakujte šesťkrát až desaťkrát. Konečné riedenie rozložte na agarovú platňu a inkubujte ju štyri až sedem dní predtým, ako spočítate kolónie.
Ručné počítanie
Primárnym trikom pri počítaní kolónií je spočítať každú bodku kolónií raz. Jedným z prístupov je nastavenie Petriho misky na pozadie mriežky a spočítanie kolónií v každej bunke mriežky pohybujúce sa v metodickom vzore cez všetky bunky. Užitočným prístupom môže byť aj označenie spočítaných kolónií na zadnej strane Petriho misky. Spravidla budete musieť počítať najmenej tri taniere; na dôkladné vyvodenie záverov používajte iba platne obsahujúce 30 až 300 kolónií, navrhuje firma Microbiology Network, ktorá poskytuje konzultačné služby laboratóriám a výrobcom. Doštičky s kolóniami, ktorých je príliš veľa na to, aby sa dali spočítať, alebo s príliš malým počtom kolónií, je potrebné znovu umiestniť z nového riedenia.
Automatické počítanie
Ľudská chyba zvyšuje čas potrebný na ručné počítanie kolónií. Aby ste zlepšili presnosť aj účinnosť, umiestnite Petriho misku do zariadenia na automatické počítanie kolónií. Automatizované počítadlá kolónií nasnímajú obraz misky, oddelia kolónie od pozadia a potom pomocou algoritmu spočítajú kolónie na platni. Algoritmy môžu mať problémy s rozlišovaním kolónií, keď sa dve alebo viac kolónií dotýkajú okrajov, takže ide o oblasť neustáleho vývoja softvéru.
Sťaženie počítania
Presnosť výpočtu hustoty mikróbov z počtu kolónií má určité obmedzenia. Jednotkami tvoriacimi kolónie môže byť jedna bunka, reťazec buniek alebo celý zhluk buniek. Predpokladá sa, že kolónia predstavuje jednu bunku, takže koncentrácie vypočítané z počtu kolónií môžu byť nízke. Rôzne mikróby potrebujú odlišné rastové podmienky a kolónie na platni predstavujú iba tie mikróby, ktorým sa v tomto rastovom médiu darí za týchto inkubačných podmienok. Počítanie kolónií navyše neregistruje mŕtve bunky, čo je dôležité, keď potrebujete koncentráciu buniek v pôvodnej vzorke.
