Primárne použitie motorová nafta je vo vznetových motoroch. Vynález naftového motora sa pripisuje Rudolfovi Dieselovi, ktorý podal prvý patent na naftový motor v roku 1892. Jeho použitie arašidového oleja (skôr ako ropného produktu) na pohonné hmoty motora - demonštrované na parížskom výstavisku 1889 - by sa mohlo považovať za prvý pokus o výrobu bionafty. Diesel vnímal svoju konštrukciu motora ako alternatívu k iným motorom doby, ktoré by mohol použiť bežný človek bez závislosti na veľkom priemysle. V súčasnosti existujú dva hlavné typy motorovej nafty: nafta na báze ropy (niekedy nazývaná petrodiesel), ktorá sa získava z ropy; a bionaftu vyrobenú z organických materiálov, ako sú:
Nafta, ktorá sa dostane ku koncovému užívateľovi, začína svoju životnosť ako ropa, ktorá je výsledkom veľkého a rozpadajúceho sa množstva biomasy (rastlinnej a živočíšnej) v kombinácii s tlakom a teplom. Hneď ako sa tento základný olej zozbiera, prepraví sa do rafinérie, kde prechádza tromi procesmi: separáciou, konverziou a čistením. K procesu separácie dochádza vo veľkých destilačných vežiach, kde je olej vystavený extrémnemu teplu, čo spôsobuje jeho rozdelenie na plyny a kvapaliny. Výrobky sa oddeľujú na základe teplotných rozdielov medzi spodnou a vrchnou časťou veže. Výrobky zahŕňajú horný propánový plyn, strednú naftu a spodnú časť mazív. Ďalším krokom vo výrobe nafty je konverzia, ktorá zvyčajne spočíva v použití katalyzátora na niektoré z ťažších olejov z procesu separácie, aby sa získalo viac benzínu, nafty a propánu. Posledným krokom procesu je čistenie, ktoré obvykle zahrnuje vystavenie produktov vodíku a katalyzátoru na odstránenie síry.
Proces výroby bionafty začína buď rastlinnými olejmi alebo tukmi (môžu to byť aj živočíšne tuky), ktoré sa potom zmiešajú s alkoholom (zvyčajne metanolom) a katalyzátorom. Spravidla sa zmes potom zahreje, čo spôsobí jej reakciu a premenu tuku na glycerín a bionaftu. Prebytok metanolu sa odstráni z oboch produktov a často sa znovu použije. Glycerín aj bionafta môžu byť pred predajom vyčistené, pričom druhá frakcia je destilovaná, aby sa zafarbila.