Ihličnaté stromy sa vyznačujú dvoma druhmi kužeľov: peľovým kužeľom a semenným kužeľom. Niektoré ihličnany majú obidva druhy kužeľov na rovnakom strome, čo umožňuje stromu opeľovať sa. Krížové opeľovanie nastáva, keď jeden strom produkuje iba semenné kužele, a preto musí byť oplodnený peľom unášaným ku kužeľom semena z peľových kužeľov umiestnených na iných stromoch v blízkosti.
Peľové šišky sú charakteristicky menšie a širšie ako šišky. Peľové šištičky majú tendenciu sa vytratiť a odumrieť, akonáhle sa peľ v kužeľoch uvoľní na oplodnenie šištičiek. V pokojovej fáze môže byť púčik ihličnanu mužský, ženský alebo vegetatívny. Rozlišovanie medzi typmi púčikov je v tomto štádiu možné iba pomocou pitvy. Jednou indíciou, ktorá môže pomôcť pri identifikácii peľového kužeľa, je jeho umiestnenie. Semenné kužele majú tendenciu vyvíjať sa vyššie na strome a napomáhajú ich rozšíreniu po opelení semien.
Na identifikáciu typu stromu sa bežne používajú šišky, pretože zostávajú na strome alebo pod ním dlhšiu dobu. Štíhle púčiky semenného kužeľa napučiavajú štyri až šesť týždňov, až kým sa začnú objavovať červené alebo zeleno zakončené vaječné šupiny. Váhy majú tendenciu skladať sa vzpriamene od základne kužeľa a potom klesnúť po prijatí peľu z peľových šištičiek nadol, aby sa inicioval vývoj semena a signalizovala zrelosť kužeľa.
Niektoré ihličnany nemajú ani peľ, ani šišky. Namiesto toho strom produkuje ovocie, ktoré čiastočne pokrýva semená. Kanadský tis je príkladom ihličnanu produkujúceho aril, ktorý obsahuje mäsitý obal, ktorý obsahuje semená stromu. Aby sa zabránilo nadmernej strate osiva v dôsledku živočíšnych a vtáčích predátorov, ktorí sa môžu živiť plody tisu, tento strom sa prispôsobil tak, že jeho plody sú toxické a semená zostávajú nerušene.
Kužeľovité ihličnany alebo pinofyty sa klasifikujú ako gymnospermy (nahé semená), pretože ich vajíčka a semená nie sú uzavreté vo vaječníkoch alebo sa nenachádzajú v ochranných ovocných obaloch. Ak má ihličnan na jednom strome aj peľ aj šišky, zaraďuje sa ďalej medzi diploidné sporofyty. Akonáhle sa semená po opelení vytvoria, váhy kužeľa sa otvoria a uvoľnia semená na disperziu vodou, vetrom a pohybom človeka a zvierat.
