Primárnym účinkom ničenia biotopov je zníženie biodiverzity, čo sa týka rozmanitosti a množstva rôznych druhov zvierat a rastlín v konkrétnom prostredí. Keď zviera stratí prirodzený domov alebo biotop, ktorý potrebuje na prežitie, jeho počet rýchlo klesá a smeruje k vyhynutiu. Odhaduje sa, že 14 000 až 35 000 druhov je vystavených riziku vyhynutia a ničenie biotopov je jednou z hlavných príčin.
Opeľovanie a šírenie semien
Divoké aj poľnohospodárske rastliny závisia od rozmnožovania od opelenia. Ovocie a zelenina, kľúčové zložky ľudskej stravy, závisia od prenosu peľu z kvetu na včely a iný hmyz. Keď ničenie biotopov redukuje odrody týchto opeľovačov, poklesnú aj výnosy plodín. Napríklad neostré včely na Kostarike, ktoré hniezdia iba v lesoch, zvyšujú výnos na kávových plantážach nachádzajúcich sa v blízkosti lesných plôch o 20 percent. Mnoho rastlín sa pri šírení semien spolieha aj na zvieratá, najmä tie, ktoré konzumujú ovocie. Zničenie biotopov zvierat tohto typu môže mať závažný vplyv na druhy rastlín, ktoré na nich závisia.
Regulácia podnebia
Biodiverzita ovplyvňuje podnebie hlavne reguláciou množstva oxidu uhličitého v atmosfére. Ničenie lesných biotopov znižuje kapacitu lesov absorbovať oxid uhličitý. Rýchlosť rastu a drevnatosť rastliny určuje rýchlosť premeny uhlíka v nej. Krajinné vzory sú tiež dôležité, pretože na okrajoch lesných fragmentov je znížené vylučovanie uhlíka. Morské ekosystémy tiež zohrávajú významnú úlohu pri sekvestrácii uhlíka.
Boj proti škodcom a chorobám
Škodcovia sa často zameriavajú na konkrétne druhy rastlín. Ak dôjde k zničeniu biotopov a zníženiu rozmanitosti rastlín, prostredie obsahuje viac konkrétneho druhu rastlín. To uľahčuje šírenie škodcov. Rozmanitosť rastlín poskytuje biotopy pre väčšiu škálu hmyzu a iných zvierat a pre prirodzených nepriateľov škodcov. Plesňové choroby rastlín sú závažnejšie v monokultúrnych oblastiach, kde sa pestuje jeden druh plodiny.
Nepriame účinky
Výroba potravín, odevov a prístreškov pre ľudí závisí mnohými nepriamymi spôsobmi od biodiverzity ekosystémov. Vysoká rozmanitosť poľnohospodárskych plodín chráni poľnohospodárov pred neúrodami. Ničenie biotopov a znižovanie druhovej rozmanitosti môže spôsobiť, že ekosystémy budú citlivejšie na invázne druhy a nepriamo ovplyvnia zdravie a pohodu človeka. Účinok inváznych druhov ilustruje to, čo sa stalo, keď sa basy dostali do jazera Gatun v Paname. Prítomnosť basy mala za následok redukciu predátorov pred larvami komárov a zvýšenie výskytu malárie.