Lýza je slovo, ktoré pochádza z gréčtiny a znamená iba „rozdeliť sa“ alebo „prasknúť“. sa týka toho, čo sa stane s bunkami v lyzačnom tlmivom roztoku, čo je riešenie, ktoré ich rozbije a extrahujú obsah. Vedci používajú lyzačné pufre pri extrakcii DNA alebo proteínov z buniek na analýzu, najmä v prípade baktérií. Typ tlmivého roztoku na lýzu buniek sa líši v závislosti od druhu experimentu, aj keď nasledujúce sú niektoré bežné možnosti.
TL; DR (príliš dlhý; Nečítali)
Lýzové pufre pomáhajú rozbíjať otvorené bunky, takže k ich obsahu je možné pristupovať alebo ich odstraňovať. Niektoré príklady zahŕňajú soli, detergenty, chelatačné činidlá a inhibítory a niektoré alkalické chemikálie.
Pufr a soľ
Pufre stabilizujú pH, zatiaľ čo sa bunky štiepia. Tris-HCL predstavuje jednu z najbežnejších chemikálií na tlmenie pri pH 8. HEPES je ďalšou bežnou tlmivou látkou v týchto experimentoch. Soľ chloridu sodného môže tiež zvýšiť iónovú silu, celkovú koncentráciu rozpustených látok mimo buniek. Tento posledný bod má určitý význam, pretože voda môže difundovať cez bunkové membrány z oblastí s nízkou koncentráciou rozpustenej látky do oblastí s vysokou koncentráciou rozpustenej látky.
Rozpúšťanie čistiacich prostriedkov
Čistiace prostriedky rozpúšťajú bunkové membrány, takže jej obsah môže unikať. Majú a amfipatickú molekulárnu štruktúru (t. J. Molekuly s jedným koncom, ktorý ľahko interaguje s molekulami vody, zatiaľ čo druhý hydrofóbny koniec alebo „strach z vody“ nie). Môžu rozpúšťať tuky tvorením micel, malých zhlukov, kde hydrofóbne konce molekúl detergentu smerujú dovnútra k molekulám tuku. Medzi bežné detergenty patrí dodecylsulfát sodný alebo SDS, NP-40 a tritonX.
Chelatačné látky a inhibítory
Lyzačné pufre typicky zahŕňajú aj chelatačné činidlá, ako je kyselina etyléndiamíntetraoctová (EDTA) alebo etylénglykoltetraoctová (EGTA). Tieto chemikálie sa viažu na ióny kovov s dvoma kladnými nábojmi (napr. Horčík a vápnik), čím sú nedostupné pre ďalšie reakcie. Mnoho DNAz (proteíny, ktoré rozžuvajú DNA) a proteáz (proteíny, ktoré rozkladajú ďalšie proteíny) potrebujú ióny horčíka EDTA a EGTA prispievajú k zníženiu hladiny proteázy alebo DNAsy činnosť. Nevylučujú to však úplne a niektoré proteázy nezávisia od kofaktorov horčíka, takže lyzačné pufre niekedy zahŕňajú aj chemikálie nazývané inhibítory proteázy, ktoré sa viažu na proteázy a bránia im vo fungovaní správne.
Alkalická lýza
Alkalická lýza, veľmi častá technika čistenia plazmidov od baktérií, zahŕňa tri roztoky. Prvý obsahuje glukózu, pufr tris-HCL, EDTA a RNAsy. Glukóza vytvára mimo baktérií vysokú koncentráciu rozpustenej látky, takže sa stávajú mierne ochabnutými, čo uľahčuje ich lýzu. EDTA a tris-HCL fungujú, ako už bolo opísané, zatiaľ čo RNAáza rozžuje každú RNA vo vnútri bunky, aby ju dostala z cesty. Druhé riešenie skutočne lyžuje bunky. Tento obsahuje SDS detergent a NaOH, ktoré zvyšujú pH na 12 alebo vyššie, denaturujú proteíny vo vnútri bunky a spôsobujú rozdelenie DNA na jednotlivé vlákna. Tretí roztok obsahuje octan draselný na obnovenie neutrálnej hodnoty pH, aby sa reťazce plazmidovej DNA mohli znova spojiť. Medzitým sa denaturované proteíny zhlukujú a vyzrážajú, zatiaľ čo prichádzajú dodecylsulfátové ióny spolu s draselnými iónmi za vzniku nerozpustnej zlúčeniny, ktorá sa tiež vyzráža z roztoku.