Prírodná mokraď je zložitý ekosystém. Rovnako ako iné ekosystémy, či už na pevnine alebo na vode, na formu a funkciu mokradí má vplyv veľa faktorov. Biotické aj abiotické faktory a procesy sú neoddeliteľnou súčasťou prirodzeného mokraďového ekosystému. Termín „biotický“ sa vzťahuje na živé veci. Termín „abiotický“ sa vzťahuje na materiály, procesy alebo faktory, ktoré nežijú.
Voda
Samotná voda je možno typickým abiotickým faktorom v prírodných mokradiach. Aj keď je voda nevyhnutná pre takmer všetky biologické procesy, sama o sebe nežije a môže sa vyskytovať nezávisle na živých organizmoch. V prírodných mokradiach je voda médiom, v ktorom existuje a funguje celý ekosystém. Mokrade v regiónoch, ktoré boli v minulosti zaľadnené - vo forme mohutných ľadových štítov - môžu za svoje začiatky vďačiť silným rezbárskym účinkom ľadovca. Takže aj voda v dramaticky odlišnej podobe bola významným faktorom pri rozvoji mokradí.
Vzduch
Na rozdiel od vody je vzduch zložený z viac ako jednej chemickej zlúčeniny. Kyslík, dusík, oxid uhličitý a niekoľko ďalších plynných látok tvoria chemické zloženie vzduchu. Vzduch, najmä kyslík v ňom obsiahnutý, je ďalším kritickým abiotickým faktorom v prírodných mokradiach. Prakticky každý mokraďový ekosystém obsahuje mnoho druhov rastlín a živočíchov. Zelené rastliny využívajú oxid uhličitý zo vzduchu; zase uvoľňujú kyslík ako odpadový produkt. Zvieratá robia inverziu; prijímajú a používajú kyslík a vydávajú oxid uhličitý ako odpadový produkt. Aj keď existujú organizmy, ktoré môžu a žijú a rastú bez kyslíka, veľká väčšina z nich formy života v prírodnej mokrade - pod vodou aj nad jej povrchom - vyžadujú kyslík z vzduch.
Slnečné svetlo
Svetlo zo slnka je základným abiotickým faktorom v prírodných mokradiach. Slnečné svetlo dodáva energiu, ktorú rastliny potrebujú na fotosyntézu. Rovnaká energia sa prenáša na ďalšie organizmy v mokradiach prostredníctvom potravinového reťazca alebo potravinovej siete. A teplota je samozrejme abiotický faktor priamo súvisiaci s množstvom energie, ktorú mokrade prijímajú zo slnka.
Minerály
Pod vodou, na dne prírodnej mokrade, sú usadené materiály rôzneho druhu. Veľká časť tohto materiálu je organická alebo biotická a vzniká z rozkladajúcich sa zvyškov živých organizmov v mokradiach. Tento sedimentárny materiál však obsahuje aj minerálnu zložku. Minerálne častice rôznych druhov a veľkostí sa zmiešajú s organickým materiálom. Rovnako ako v suchozemských ekosystémoch musia rastliny v prírodných mokradiach získavať abiotické minerálne živiny, aby mohli žiť a rásť. A minerály sa neobmedzujú iba na spodné sedimenty; môžu byť rozpustené priamo vo vode, kde vytvárajú zložitú prírodnú chemickú zmes, ktorá má vplyv na faktory ako pH, miera kyslosti vo vode.
Skaly
Okrem relatívne malých častíc minerálnych sedimentov sa v mokradiach často vyskytujú aj väčšie horniny rôznej veľkosti a druhu. Či už mohutná súvislá vrstva podložia pod mokraďou a formujúca jej základ, alebo relatívne menšia skaly, ktoré sú pod vodou alebo ktoré vyčnievajú nad povrch, sú skaly mnohými významnými abiotickými faktormi mokrade. Okrem poskytovania substrátov pre rastliny a živočíchy, aby na nich mohli rásť alebo sedieť, prechádzajú skalami prirodzené procesy zvetrávania - postupne sa rozkladajú a poskytujú mokradiu minerálne živiny ekosystém.