Morský ekosystém je vystavený silnému stresu; v mnohých oblastiach sú podmienky potrebné na udržanie života ohrozené alebo neexistujú. Ničenie morských biotopov prevláda najmä na pobreží, kde sa zvýšila populácia ľudí. Strata biotopov, znečistenie, nadmerný rybolov, deštruktívne rybárske praktiky a globálne otepľovanie všetky podkopávajú morské prostredie.
Pobrežia
Strata biotopov, znečistenie, odtok a zvýšená slanosť ničia koralové útesy, morské trávy a ďalšie biotopy vtákov a rýb. Keď sú pobrežné mokrade zasypané rastúcou ľudskou populáciou, prehradenie riek znižuje tok sladkej vody, spomaľuje odtok živín a brzdí migráciu rýb. Menej sladkej vody znamená zvýšenú slanosť v mokradiach a ústiach riek, čo poškodzuje trávy, ktoré čistia vodu prúdiacu do mora. Erozia spôsobená odlesňovaním posiela bahno do riek, potokov a nakoniec do oceánu a blokuje slnečné svetlo potrebné na prežitie koralových útesov.
Nadmerný rybolov
Maximálny udržateľný výnos vypočítajú rybárski biológovia na odhad množstva rýb, ktoré je možné uloviť z populácie bez rizika jej dlhodobej životaschopnosti. V rokoch 1974 až 1999 sa podiel rybolovu, ktorý prekročil maximálny udržateľný výnos tresky, strojnásobil, z 10 percent na 30 percent. Podľa Centra pre oceánske riešenia je od začiatku 90. rokov celkový úlovok jedným z najviac na svete produktívny rybolov, Ochotské more, sa v dôsledku toho znížilo medzi dva a dva a polkrát nadmerný rybolov. V Tichom oceáne viac ako polovica ostrovných krajín nezvláda udržateľnosť svojich koralových útesov.
Morské dno
Komerčné rybárske plavidlá, ktoré využívajú postupy známe ako vlečné siete na lov pri dne, vlečú veľké siete pripevnené k ťažkým závažiam cez morské dno. Medzi cieľové druhy patria krevety, treska, jazyk a platesa, ale všetko pozdĺž morského dna je zachytené. Vlečná sieť na lov pri dne môže nechať morský ekosystém trvale poškodený a vedľajšie úlovky (necieľové druhy ako morské korytnačky, morské vtáky a cicavce) sa jednoducho hodia cez palubu. Vedľajší úlovok môže predstavovať až 90% celkového úlovku a ohrozené ryby a hlbokomorské koraly sú často zabíjané.
Okyslenie
Ako sa podnebie otepľuje, oceán absorbuje viac oxidu uhličitého, čím je kyslejší. Zvýšená kyslosť brzdí schopnosť morských organizmov vyvíjať mušle. Patria sem aj drobné živočíchy nazývané planktón, ktoré tvoria základ oceánskej potravinovej siete. Niektorí vedci tvrdia, že to spôsobí aj to, že niektoré morské druhy budú emitovať menej zlúčenín síry, ktoré podporujú tvorbu mrakov, čo ochladzuje Zem. Klimatické modely predpovedajú, že to počas tohto storočia spôsobí ďalšie oteplenie o 0,5 stupňa Celzia (0,28 stupňa Fahrenheita).