Ekosystém je agregát všetkých biologických a chemických vlastností charakteristických pre konkrétne ekologické spoločenstvo. Vodný ekosystém odvodzuje svoju identitu od interakcie medzi vodným prostredím a živými organizmami, ktoré ho obývajú. Dva typy vodných ekosystémov sú sladkovodné a morské. Hlavným rozdielom je koncentrácia slanosti. Tieto ekosystémy však majú niekoľko spoločných znakov.
Voda
Najzrejmejšou súvislosťou medzi morskými a sladkovodnými ekosystémami je voda, ktorá pokrýva takmer 75 percent zemského povrchu. Kvapalná voda je základnou zložkou sladkovodného aj slaného vodného prostredia. Pretože voda je priehľadná, vodnému fytoplanktónu sa môže dobre dariť, pretože slnečné svetlo môže preniknúť do najvyšších oblastí. Voda je tiež polárna molekula, ktorá sa dáva na vodíkové väzby; vďaka tomu je voda silným rozpúšťadlom minerálov a výživných látok potrebných pre život.
Osmoregulácia
Proces regulácie osmotického tlaku na tekutiny v tele je nevyhnutný pre všetky sladkovodné a morské druhy. Osmoregulácia im pomáha kontrolovať koncentráciu ich telesných tekutín. Niektoré ryby, napríklad lososy, vykazujú značnú variabilitu pri osmoregulovaní svojej homeostázy. To zahŕňa udržiavanie správnej koncentrácie rozpustených látok a vody v ich telách.
Fytoplanktón
Fytoplanktón sú riasy, ktoré obývajú horné vrstvy oceánov a sladkovodné útvary, kam preniká slnko. Fytoplanktón sú primárnymi producentmi vodného potravinového reťazca, ktorý svoju energiu získava fotosyntézou a vďaka tomu produkuje veľkú časť kyslíka v zemskej atmosfére. Ako základ siete s vodnými potravinami poskytujú základnú ekologickú funkciu pre všetky morské a sladkovodné vodné životy.
Problémy životného prostredia
Najrozšírenejším problémom ovplyvňujúcim sladkovodné aj morské ekosystémy je znečistenie vo forme uvoľňovania vedľajšie produkty ľudskej činnosti, ako sú odpadové vody, poľnohospodársky odpad, hnojivá a toxické alebo inertné chemikálie, ktoré môžu zabiť vodný život. Eutrofizácia alebo premnoženie rastlín vyplýva z vypúšťania týchto látok do vody. Všetky tieto materiály majú vysoký obsah dusíka a fosforu, ktorý podporuje exponenciálny rast mikroskopických aj makroskopických rastlín vo vode. Nakoniec rastliny odumrú a voda bude stáť. Proces rozkladu potom znižuje rozpustený kyslík vo vode, čo znemožňuje život.