Filipíny sú krajinou bohatou na biodiverzitu a endemizmus s mnohými prírodnými zdrojmi, ktoré prispievajú k hospodárstvu a miestnym komunitám. Jeho pobrežie a pobrežné biotopy majú osobitný význam, pretože rybolov, poľnohospodárstvo a priemysel závisia od vodných tokov a morského prostredia krajiny. Hrozby pre úbytok biotopov a biodiverzity pochádzajú z rôznych postupov, vrátane vyklčovania pôdy, neudržateľného rybolovu a znečistenia.
Strata lesného porastu
V rokoch 2000 až 2005 prišli Filipíny o niečo viac ako dve percentá lesného porastu ročne. To bola druhá najvyššia miera v juhovýchodnej Ázii. Od roku 2005 sa predpokladalo, že tu zostali iba tri percentá primárneho lesa. Výsledkom rýchleho odlesňovania sú rôzne ohrozenia ekosystému vrátane straty biodiverzity, erózie pôdy, povodní, zosuvov pôdy a zníženia kvality vody. Lesy sú ohrozené komerčnou ťažbou a ťažbou dreva.
Degradácia koralových útesov
Filipíny sú globálnym centrom biodiverzity morského pobrežia. Nezákonný zber a vývoz koralov a živých rýb z útesov mal za následok značné nepriaznivé účinky na biodiverzitu, stav koralových útesov, pokryv morskej trávy a počet rýb. Iba 5 percent útesov si udrží viac ako 75 percent živých koralových porastov. Medzi deštruktívne rybárske postupy patrí nadmerný rybolov, rybolov vlečnými sieťami, rybolov dynamitom a rybolov s kyanidmi, kde je kyanid rozpustený vo vode a vystrekovaný do útesov, zatiaľ čo ďalšie hrozby pochádzajú zo znečistenia a erózia.
Hrozby pre mangrovy
Medzi hrozby pre mangrovy patrí nadmerná ťažba, znečistenie a čistenie pôdy pre poľnohospodárstvo a ľudské osídlenie. Výsledkom chovu kreviet je takmer nezvratné a ekonomicky nákladné poškodenie oblasti, čo je ešte viac znepokojujúce, pretože farmy s krevetami sa stávajú nerentabilnými už po troch až piatich rokoch. Ničenie mangrovových porastov súvisí aj s degradáciou koralových útesov, pretože útesy chránia mangrovy pred silnými vlnami a prúdmi, ktoré odplavujú jemný sediment, na ktorom mangrovy rastú.
Strata biodiverzity
Filipíny sa považujú za megabiodiverznú krajinu. Má veľa jedinečných rastlín a živočíchov; v skutočnosti je takmer polovica jej suchozemských stavovcov a až 60 percent jej vaskulárnych rastlín jedinečných pre túto krajinu. Miera straty biodiverzity sa odráža v niektorých šokujúcich zisteniach. Do roku 2006 bolo Medzinárodnou úniou pre ochranu prírody klasifikovaných ako ohrozených iba niečo cez 20 percent druhov stavovcov. Približne 127 druhov vtákov sa považuje za ohrozených a pôvodný kakadu filipínsky, kedysi rozšírený, je dnes kriticky ohrozený.
