Aj keď prírodné sily môžu zničiť alebo napnúť zvieraciu populáciu, čoraz viac činností človeka spôsobovalo ohrozenie veľkého počtu zvierat. Je pravda, že niektoré zvieratá a rastliny, najmä domestikované, ako sú plodiny, hospodárske zvieratá a domáce zvieratá, boli prospešné a dokonca prekvitali zo zmien, ktoré človek vo svete urobil. Niektoré populácie zvierat však boli v dôsledku týchto zmien vystavené obrovskému tlaku a v niektorých prípadoch populácie klesajú na výrazne nižšie úrovne. Malé populácie alebo organizmy s obmedzenou distribúciou sú mimoriadne citlivé na vyvolávajúce faktory ohrozenie, či už sa človek spolieha na bežný význam slova alebo na definíciu ohrozeného druhu zakomponovanú do federálny zákon.
Strata biotopu
Jednou z najvýznamnejších príčin ohrozených zvierat je strata biotopov. Zatiaľ čo biotop sa môže stratiť v dôsledku prírodných síl (klimatické zmeny, geologické zmeny), dnes sa väčšina biotopov stratí v dôsledku ľudskej činnosti. Výstavba priehrad, diaľnic, kanálov, urbanizácia a poľnohospodárstvo dramaticky ovplyvňujú obyvateľov pôvodných ekosystémov. Aj keď časti ekosystému zostanú nedotknuté a vytvárajú „ostrovy“, výsledný biotop môže byť na podporu druhu príliš malý alebo príliš rozptýlený.
Invázne druhy
Invázne druhy sú jedným z kľúčových biotických dôvodov ohrozenia zvierat. Mnoho druhov prichádzajúcich do nového ekosystému je zle adaptovaných a rýchlo hynú. Niektoré druhy sú však schopné využívať ekosystém na úkor pôvodných organizmov. Malé ekosystémy, ako napríklad tie na ostrovoch, sú zavedením inváznych druhov výrazne ovplyvnené dokonca aj pôvodné kontinentálne a oceánske populácie môžu byť zničené konkurenciou alebo dravosťou votrelca.
Nadmerné využívanie zdrojov
Nadmerný rybolov konkrétneho druhu rýb je zjavnou a priamou príčinou ohrozenia zvieraťa. Nadmerné využívanie konkrétneho druhu však môže poškodiť (alebo prospieť) aj iným organizmom v ekosystéme. Viedla napríklad obava, že kalifornská morská vydra ničí abalonskú populáciu nevyberané zabíjanie vydier morských, ktoré mení rovnováhu medzi biotickou konkurenciou medzi niekoľkými organizmov. Zníženie počtu morských vydier viedlo k výbuchu v populácii morských ježkov, ktoré sa pásli na pevnom poraste chalúh. Keď sa chalúh odtrhla od dna a vymyla sa na breh, boli organizmy závislé od lesov chalúh vystavené väčšej záťaži.
Patogény a choroby
Šírenie domestikovaných zvierat rozšírilo aj choroby s nimi spojené do nových oblastí sveta. V niektorých prípadoch tieto choroby infikovali pôvodné populácie, ktoré mali malú odolnosť proti napadnutému patogénu. Tieto choroby môžu dosiahnuť epidemickú úroveň u pôvodnej populácie a zdecimovať ich počet.
Environmentálne znečistenie
Znečistenie v mnohých formách ohrozilo mnoho zvierat. Pesticídy a iné chemikálie zavedené do ekosystému môžu významne poškodiť necielené druhy. Napríklad DDT používaný na boj proti komárom bol nakoniec spojený s poklesom reprodukčnej rýchlosti vtákov. Ostatné formy znečistenia, ako napríklad tepelné, svetelné a hlukové znečistenie, môžu znížiť mieru prežitia miestnych populácií zvierat.