Patogény sú mikróby, ktoré spôsobujú choroby svojich hostiteľov. Zatiaľ čo rastliny sa zvyčajne musia viac obávať pôdnych patogénnych húb ako pôdnych bakteriálnych chorôb, rôzne patogénne baktérie, ktoré žijú v pôde, spôsobujú choroby aj u rastlín. Existuje príliš veľa druhov pôdnych rastlinných patogénov na to, aby sme ich vymenovali všetky, avšak nasledujúce sú niektoré z najdôležitejších alebo najbežnejších. Niekoľko druhov baktérií v pôde môže byť nebezpečných alebo dokonca smrteľných aj pre ľudí.
Clostridium botulinum
C. botulinum je grampozitívna baktéria (t. j. baktéria, ktorá vykazuje pozitívne testy podľa Gramovho farbenia), ktorá vytvára odolné a odolné spóry. Keď spóry nájdu správne podmienky, vyklíčia a začnú rásť. Môžu produkovať smrteľný proteín nazývaný botulotoxín, ktorý pôsobí na nervový systém človeka a iných cicavcov a blokuje uvoľňovanie kľúčového neurotransmiteru nazývaného acetylcholín. C. spóry botulínu sa nachádzajú v pôde a vode v mnohých regiónoch sveta. Sú anaeróbne a rastú iba pri nedostatku kyslíka; kyslé podmienky brzdia ich rast. Aj keď C. botulinum niekedy spôsobuje smrteľné prípady choroby z potravín nazývanej botulizmus, silný toxín produkovaný baktéria sa tiež stala užitočnou na paralyzovanie svalového tkaniva u ľudí ako súčasť rôznych lekárskych alebo kozmetických prípravkov postupov. Ak sa botulotoxín používa ako terapeutické činidlo, je známy pod obchodným názvom Botox.
Erwinia carotovora
E. carotovora je vysoko deštruktívny patogén, ktorý spôsobuje choroby u mnohých rastlín, vrátane zemiakov a väčšiny ostatnej dužinovej zeleniny. Táto gramnegatívna baktéria v tvare tyčinky môže napadnúť plodiny na poli alebo pri skladovaní. Poddruh E. carotovora carotovora dobre prežíva v pôde a povrchových vodách; môže rásť v koreňových zónach mnohých ďalších nehostiacich plodín alebo dokonca burín a napadnúť zemiaky alebo iné zraniteľné plodiny, pokiaľ to ponúka príležitosť. Bežné choroby zemiakov spôsobené E. karotovora zahŕňa čiernu nohu, hnilobu vzdušných stoniek a mäkkú hnilobu hľúz.
Svrab Streptomyces
Svrab Streptomyces sú grampozitívne baktérie, ktoré spolu s dvoma ďalšími druhmi Streptomyces (S. acidiscabies a S. turgidiscabies) môžu infikovať zemiaky a iné okopaniny, ako je repa, reďkovka, repa, mrkva a paštrnák. Je to nezvyčajné v tom, že keď rastie, bunky vytvárajú vlákna podobné tým, ktoré tvoria plesne - aj keď oveľa menšie. Vlákna S. svrab sa potom môže odlomiť a vytvárať spóry. Baktérie sa šíria napadnutím mladých, čerstvých tkanív a získavaním vstupu do staršieho tkaniva prostredníctvom rán alebo prírodných otvorov.
Xanthomonas
Xanthomonas je rod, ktorý zahŕňa mnoho dôležitých rastlinných patogénov. Aj keď v pôde nepretrvávajú veľmi dlho, niektoré druhy môžu v pôde prežiť aj cez zimu a na jar infikovať novú úrodu. Rovnako ako všetky ostatné proteobaktérie sú gramnegatívne. Druh X. campestris spôsobuje čiernu hnilobu u najrôznejších rastlín a je možno najdôležitejším členom rodu. Je ironické, že rovnaká baktéria sa komerčne pestuje na výrobu xantánovej gumy, bežnej prídavnej látky v potravinách.