Kambodža má tretiu najvyššiu mieru odlesňovania na svete, ktorá je motivovaná ťažbou dreva aj ťažbou v poľnohospodárstve. Odlesňovanie ničí biotopy a narúša rovnováhu jemných tropických pôd. Bez toho, aby stromy držali pôdu na mieste a dopĺňali organickú hmotu podstielkou, pôda rýchlo eroduje a v prvých niekoľkých rokoch kultivácie stráca väčšinu svojej úrodnosti.
Kambodžské pobrežné ekosystémy, z ktorých mnohé sú mangrovové lesy, ktoré poskytujú dôležité miesta na rozmnožovanie rýb a ochranu pred povodňami, sú ohrozené niekoľkými faktormi. Pobrežné ekosystémy dusí sediment vyplavený z nedávno odlesnených oblastí vo vnútrozemí. Tieto vody tiež prenášajú nebezpečné pesticídy a hnojivá. Zle regulované farmy na výrobu kreviet spôsobujú čistenie mangrovových porastov a uvoľňovanie prebytočných živín do vody, čo vedie k premnoženiu rias a narušeniu ekosystému.
Pri industrializácii Kambodže sa ľudia hrnú do mestských oblastí, ktoré rastú príliš rýchlo na to, aby ich udržala sanitačná infraštruktúra. Mnoho oblastí nemá kanalizačné systémy alebo sú prinajlepšom nefunkčné. Odpadové vody a priemyselné odpadové vody kontaminujú podzemné a povrchové vody v mnohých mestských oblastiach. Nebezpečný tuhý odpad si často nachádza cestu na otvorené skládky, kde sa môže vylúhovať do podzemných vôd alebo rozfúkať vietor.