Какова функция отслеживания красителя в гель-электрофорезе?

Гель-электрофорез это широко используемый лабораторный метод с множеством практических применений, включая снятие отпечатков ДНК и секвенирование генома. Процесс предполагает разделение ДНК фрагменты с помощью электрического тока, отслеживая скорость движения молекул через фильтрующий гель.

Добавление синего или оранжевого отслеживающего красителя к бесцветным образцам ДНК позволяет увидеть образец и получить информацию о том, как молекулы ДНК перемещаются во время электрофореза. Идентификация основана на размере полос ДНК на геле после миграции молекул.

Гель-электрофорез протягивает фрагменты ДНК через гель с помощью электрического тока для выделения и идентификации молекул ДНК по размеру и электрическому заряду. Гель часто делают с порошок агарозы - полисахарид, извлеченный из водоросли.

Агарозу добавляют к буферному раствору воды и соли, смесь нагревают и охлаждают, чтобы получить пористый гель, который будет действовать как фильтрующая матрица во время процедуры электрофореза. Затем гель помещают в установку для электрофореза и покрывают буферным раствором, который проводит

Растворы, содержащие ДНК и красители, вносятся пипеткой в ​​небольшие лунки геля, которые необходимо приготовить во время приготовления геля. Красителипомочь тебеясно видеть образец которые вы добавляете в лунки для геля, расположенные рядом с отрицательным электродом электрофореза.

Положительный электрод расположен на противоположном конце. Известный стандарт фрагментов ДНК помещается в первую лунку, которая создает лестницу полос ДНК для целей сравнения и идентификации.

Фосфатный остов молекул ДНК дает ДНК отрицательный заряд. Противоположности притягиваются, следовательно, молекулы ДНК притягиваются к положительному электроду и начинают двигаться или «мигрировать» при включении электрического тока.

Фрагменты ДНК меньшего размера перемещаются быстрее, чем более крупные фрагменты, поскольку они сталкиваются с меньшим сопротивлением при миграции через пористую матрицу геля. Фрагменты ДНК аналогичного размера образуют полосы ДНК в геле.

ДНК бесцветная, поэтому добавление следящие красители к образцу поможет вам определить скорость движения белковых молекул разного размера в геле во время электрофореза. Примеры загрузки красителей, которые перемещаются вместе с образцом ДНК, включают: бромфенолсиний а также ксилол цианол.

Выбранный краситель не должен вступать в реакцию или изменять ДНК. Бромфеноловый синий - это краситель, используемый для отслеживания цепей ДНК меньшего размера, содержащих около 400 пар оснований, в то время как ксилолцианол лучше подходит для более крупных цепей ДНК, содержащих до 8000 пар оснований. Выбранный краситель не должен вступать в реакцию или изменять ДНК.

При подготовке образца ДНК для электрофорез, вам нужно будет добавить глицерин и воду вместе с красителями. Глицерин - это тяжелое сиропообразное вещество, которое придает большую плотность образцу ДНК, прежде чем он будет вставлен в лунки на одном конце гелевого листа.

Без глицерина образец ДНК рассредоточился бы вместо того, чтобы тонуть и образовывать слой в лунке, как это должно происходить при образовании лестницы ДНК.

Электрофорез в полиакриламидном геле с додецилсульфатом натрия (SDS PAGE) - это метод, подходящий для разделения белков и аминокислот, которые меньше и сложнее линейных молекул ДНК. Полиакриламид (гель SDS PAGE) используется вместо геля агарозы для электрофореза.

Бромфеноловый синий (BPB) добавляется в буфер для образцов в качестве следящий краситель который движется в том же направлении, что и белки, и разграничивает их передний край.

ДНК-связывающий краситель, такой как оранжевый цвет бромид этидия можно добавлять в гель или в буфер для электрофореза. Как следует из названия, краситель прикрепляется к молекуле ДНК.

При обращении с этим мутагенным красителем необходимо соблюдать особую осторожность, поскольку он может связываться с ДНК в клетках кожи. В отличие от трекинговых красителей, бромистый этидий флуоресценция ярко под УФ-свет, делая видимыми полосы ДНК.