Poate că cel mai important mod prin care sporii de mucegai diferă de endosporii bacterieni este că mucegaiurile sunt clasificate ca așa-numitele ciuperci superioare. Ca atare, ele prezintă ceea ce biologii numesc tipul de celulă eucariotă. Endosporii bacterieni, pe de altă parte, se formează din bacterii care sunt - ca grup - clasificate ca având celulele procariote. Diferența dintre celula procariotă și celula eucariotă este una fundamentală în biologie. În termeni simpli, celula bacteriană este structural mult mai simplă.
Celula eucariotă - ca și în sporii mucegaiului - este plină de un complex de structuri celulare numite organite. Organele îndeplinesc toate tipurile de funcții celulare și una dintre cele mai evidente organite este nucleul. Nucleul celulei eucariote a sporilor de mucegai conține ADN-ul care permite celulei să funcționeze și să se reproducă. Acest lucru este în contrast cu endosporii bacterieni în care ADN-ul este mai mult sau mai puțin liber în citoplasma celulei.
Pe lângă nucleu, celula sporică a mucegaiului eucariot conține organite precum reticulul endoplasmatic sau ER. ER este în esență ca un labirint de membrane pliate în care sunt efectuate multe procese biochimice vitale pentru celulă. În sporii de mucegai ER este conectat la învelișul nuclear, o membrană care înconjoară nucleul celulei. La endosporii bacterieni, acest aranjament lipsește.
Endosporii bacterieni nu prezintă practic niciun nivel de rafinament celular prezent în sporii mucegaiului eucariot. O altă distincție între endospori bacterieni și spori de mucegai - în afară de diferența lor fundamentală de tip celular - este rolul pe care îl joacă în istoricul de viață al organismelor respective. Un endospor bacterian este o structură rezistentă care se formează în celula unei bacterii. Spre deosebire de sporii de mucegai, endosporul bacterian este special adaptat pentru a rezista condițiilor adverse de mediu. O caracteristică cheie a endosporilor bacterieni este un compus numit acid dipicolinic. Acest compus, deși nu este predominant în sporii de mucegai, este esențial în medierea rezistenței endosporilor bacterieni la condiții adverse de mediu.
Există numeroase alte diferențe între endospori bacterieni și spori de mucegai. Majoritatea dintre ei au, din nou, de-a face cu distincția fundamentală între celula eucariotă și celulă procariotă. Multe alte organite, în afară de cele descrise deja, sunt prezente în sporul mucegaiului, dar sunt absente în endosporul bacterian. Acestea includ o structură numită aparatul Golgi și altele precum așa-numitul nucleol. Nucleolul este o structură din nucleul celulelor eucariote și este activ în sinteza proteinelor critică pentru funcția celulară. Endosporii bacterieni îndeplinesc multe dintre aceleași funcții esențiale ale vieții ca și sporii de mucegai, dar fac acest lucru fără beneficiile organelor sofisticate prezentate în sporul de mucegai.