Schimbul de ioni este utilizat pe scară largă pentru tratarea apei atât în sistemele industriale de tratare a apei, cât și în cele municipale. Procesul oferă multe avantaje față de alte metode de tratament. Este ecologic, poate oferi debit mare de apă tratată și are un cost de întreținere redus. Alături de aceste beneficii, există anumite dezavantaje asociate schimbului de ioni, cum ar fi murdărirea sulfatului de calciu, fierul murdărirea, adsorbția materiei organice, contaminarea organică din rășină, contaminarea bacteriană și clorul contaminare.
Cel mai comun regenerant (substanță chimică utilizată pentru reîncărcarea rășinii) utilizat pentru rășina cationică este acidul sulfuric. Unele ape extrem de dure conțin cantități mari de calciu, iar atunci când acest calciu reacționează cu acidul sulfuric regenerant, formează sulfat de calciu ca precipitat în timpul procesului de regenerare. Acest precipitat poate murdări granulele de rășină și poate bloca conductele din vas.
Apa de alimentare din găurile subterane de apă are fier solubil sub formă de ion feros. Cantități mici din acest fier sunt îndepărtate de dedurizatorii cu schimb de ioni, dar dacă apa de alimentare vine în contact cu aerul înainte de tratament, ionii feroși sunt ioni ferici convertiți. Acești ioni ferici precipită sub formă de hidroxid feric după ce reacționează cu apa. Acest compus poate înfunda granulele de rășină și poate afecta eficiența rășinii. Acest lucru poate duce chiar la eșecul coloanei de dedurizare.
Apa de alimentare din lacuri și râuri conține de obicei cantități mari de materie organică dizolvată. Culoarea galbenă sau maronie a acestei ape de alimentare se datorează vegetației degradate și altor materii organice prezente în ea. Aceste substanțe organice pot fi adsorbite permanent în granulele de rășină, rezultând o eficiență redusă a rășinii. Calitatea apei tratate este astfel degradată. Acești contaminanți organici pot fi eliminați înainte de tratarea cu rășină prin tratarea apei de alimentare cu alum pentru a precipita materia organică.
Rășina schimbătoare de ioni în sine poate deveni uneori sursa de contaminare organică. Noua rășină schimbătoare de ioni are adesea elemente organice rămase în granulele de rășină după fabricare. O astfel de contaminare a rășinii poate fi tratată prin trecerea apei tratate printr-o instalație de tratare cu ultra filtrare.
Rășinile schimbătoare de ioni nu îndepărtează microorganismele precum bacteriile din apa de alimentare, dar uneori ajută la creșterea bacteriană. Paturile de rășină pot acumula materie organică care servește ca sursă de nutrienți pentru creșterea continuă a bacteriilor. Atunci când este necesară apă sterilă după tratament, apa demineralizată produsă de instalația de tratare a schimbului de ioni trebuie tratată prin căldură, iradiere ultravioletă sau filtrare foarte fină. Paturile de rășini schimbătoare de ioni pot fi, de asemenea, tratate cu dezinfectanți precum formaldehida, dar nu cu căldură sau clor, deoarece vor deteriora rășina.