Râul Mississippi găzduiește o varietate de plante și animale acvatice într-un ecosistem complex, interconectat. Plantele acvatice oferă hrană și adăpost multor specii diferite din râu și pot fi la fel de mici ca algele unicelulare. Râul Mississippi are o gamă largă de animale, de la nevertebrate la pești, broaște și altele.
Alge
Potrivit Departamentului de Resurse Naturale din Iowa, Mississippi găzduiește două tipuri majore de alge: verde și albastru-verde. Algele verzi sunt componenta biologică de bază a oricărui ecosistem sănătos; ele creează colonii mari care pot da apei o culoare verzuie. Algele albastru-verzui sunt mai puțin de dorit și sunt considerate alge care deranjează. Sunt asociați cu ecosisteme stresate și pot provoca arome neplăcute la pești sau pot ucide populații întregi.
Lintiţă
Această plantă plutitoare liberă comună are o singură frunză mică și rădăcini care atârnă în apă pentru a aspira substanțele nutritive. După cum se indică prin denumirea sa, rațul este o sursă importantă de hrană pentru multe păsări de apă.
Nuferi
Nucile albe sunt un loc obișnuit în râul Mississippi și sunt compuse din frunze mari, plutitoare, cu o textură de piele. Acestea produc flori mari albe deasupra frunzelor și sunt înrădăcinate în noroiul de dedesubt.
Rac de râu
Denumite și raci sau crawdads, acești crustacei seamănă cu homari mici. Acestea sunt în primul rând hrănitoare de fund și consumă drojdii de la alte animale, cariune și animale mici. Atât raci nativi, cât și invazi trăiesc în râul Mississippi.
Somn
Somnul de canal este o vedere obișnuită în râul Mississippi. Sunt cel mai numeroase tipuri de somn. Acești pești pot crește până la dimensiuni surprinzătoare și se pot lipi în principal de fundul râului. Se remarcă prin tendința lor de a lovi multe tipuri diferite de momeală, dar ar trebui consumate rar din cauza pericolului de contaminare cu PCB (bifenil policlorurat).
Broasca leopardă
Aceste broaște pete sunt numite și broaște de luncă. Locuiesc în și în jurul râului Mississippi. Ele servesc adesea ca specie indicator de mediu datorită susceptibilității lor la poluanți și contaminanți. Își petrec cea mai mare parte a timpului de-a lungul marginilor cursurilor de apă și ale altor corpuri de apă și mănâncă mai ales insecte, artropode și alte nevertebrate.