Situat parțial în nordul Anzilor, cu linii de coastă atât pe Oceanul Pacific, cât și pe Marea Caraibelor, Geografia unică a Columbiei creează cinci ecosisteme extrem de distincte în interiorul granițelor sale: tundra alpină sau paramo; pădure tropicală; păduri de nori de mare altitudine; regiuni de coastă; și câmpii - sau los llanos. Deoarece Columbia este atât de aproape de ecuator, nu trece prin variații sezoniere semnificative.
Paramos
Paramos sunt ecosisteme tropicale de mare altitudine care abia încep să fie înțelese de comunitatea științifică. Cercetările au arătat că aceste ecosisteme unice generează specii noi mai repede decât orice alt ecosistem de pe Pământ. Paramosul columbian găzduiește 68 de specii de frailejones, plante cu flori care captează apa din ceața care trece. Împreună cu lichenul și mușchiul ecosistemului, frailejonii filtrează și reglează apa care în cele din urmă trece în jos la cotele inferioare ale Columbia. Paramos columbiene găzduiesc, de asemenea, aproximativ 5.000 de alte specii de plante unice.
Păduri de nori
Așezându-se chiar sub paramos în altitudine sunt pădurile de nori din Columbia. Aceste păduri sunt incluse în parcul național Las Orquídeas al țării, numit după cele peste 200 de specii de orhidee găsite acolo. Pădurile cu nori conțin, de asemenea, multe alte specii originare din Columbia, inclusiv specii de jaguar, puma, maimuță, cerb, păsări, lilieci și insecte. Pădurile de nori găzduiesc și ursul cu ochelari pe cale de dispariție. Oamenii de știință cred că schimbările climatice pot afecta plantele preferate de urs ale ursului - forțându-i să caute mai mult și mai departe după hrană și, eventual, punându-le în competiție cu alte specii.
Padurea Amazoniana
Aproximativ o treime din Columbia este acoperită de Amazon; la fel ca restul celei mai mari păduri tropicale din lume, această zonă găzduiește numeroase specii unice. În 2013, cercetătorii au dezvăluit descoperirea a două specii noi în Amazonul columbian: Cercosaura hypnoides și Callicebus caquetensis. Cercosaura hypnoides este o mică șopârlă neagră despre care se crede că este pe cale de dispariție, iar Callicebus caquetensis este una dintre cele aproximativ 20 de specii de maimuțe titi care trăiesc în Amazon. Când aceste maimuțe sunt bebeluși, își manifestă mulțumirea și afecțiunea prin ronronare, ca pisoii.
Regiuni de coastă
Așezate la granița ecosistemelor acvatice și terestre, regiunile de coastă din Columbia găzduiesc în principal păduri de mangrove. Datorită volumului mare de materie organică în descompunere, aceste ecosisteme de coastă găzduiesc un număr mare de pești. Pădurile de mangrove conțin numeroase specii de mangrove, precum și o populație în creștere de bivalvi și moluște marine; comunitățile locale recoltează adesea bivalvele cunoscute sub numele de piangua hembra. Un număr de mamifere locuiesc în aceste păduri de mangrove, inclusiv pisici-tigru, nutrie și porci sălbatici cunoscuți sub numele de „tatabro”.
Los Llanos (Câmpii)
Pajiștile, sau Los Llanos, stau în primul rând în jurul bazinului râului Orinoco, care se află între Columbia și Venezuela. Râul în sine găzduiește crocodilul nativ și pe cale de dispariție Orinoco, despre care se știe că ajunge la 23 de picioare în lungime. Broasca testoasa Orinoco, vidra giganta, armadillo gigant si vulturul castan-negru sunt alte specii pe cale de disparitie din Los Llanos. Câmpiile găzduiesc, de asemenea, numeroase păsări migratoare, cum ar fi gambele galbene și mai multe specii de șarpe.