Filipine este o țară bogată în biodiversitate și endemism, cu multe resurse naturale care contribuie la economie și la comunitățile locale. Litoralele și habitatele de coastă sunt de o importanță deosebită, pescuitul, agricultura și industria fiind toate dependente de căile navigabile și de mediul marin al țării. Amenințările la adresa habitatului și a pierderii biodiversității provin din diverse practici, inclusiv defrișarea terenurilor, pescuitul nesustenabil și poluarea.
Pierderea acoperirii pădurii
Între 2000 și 2005, Filipine a pierdut puțin peste două la sută din suprafața pădurilor pe an. Aceasta a fost a doua cea mai mare rată din Asia de Sud-Est. Începând cu 2005, se credea că doar trei la sută din pădurea primară a rămas. Defrișarea rapidă are ca rezultat diverse amenințări la adresa ecosistemului, inclusiv pierderea biodiversității, eroziunea solului, inundații, alunecări de teren și calitatea scăzută a apei. Pădurile sunt amenințate de exploatarea și exploatarea forestieră comercială.
Degradarea recifelor de corali
Filipine este un centru global pentru biodiversitatea litoralului marin. Colectarea și exportul ilegal de corali și pești de recif vii au dus la efecte nocive semnificative asupra biodiversității, stării recifelor de corali, acoperirii ierbii marine și a numărului de pești. Doar 5% dintre recife păstrează peste 75% acoperire de corali vii. Practicile de pescuit distructive includ pescuitul excesiv, pescuitul cu traul, pescuitul cu dinamită și pescuitul cu cianură, unde cianura este dizolvată în apă și aruncată în recife, în timp ce alte amenințări provin din poluare și eroziune.
Amenințări pentru mangrove
Amenințările pentru mangrove includ recoltarea excesivă, poluarea și eliminarea terenurilor pentru agricultură și așezare umană. Creșterea creveților are ca rezultat daune aproape ireversibile și costisitoare din punct de vedere economic zonei, ceea ce este și mai îngrijorător, deoarece fermele de creveți devin neprofitabile după doar trei până la cinci ani. Distrugerea mangrovei este, de asemenea, legată de degradarea recifelor de corali, deoarece recifele protejează mangrovele împotriva valurilor puternice și a curenților care spală sedimentul fin pe care cresc mangrovele.
Pierderea biodiversității
Filipine este considerată o țară megabiodiversă. Are multă floră și faună unice; de fapt, aproape jumătate din vertebratele sale terestre și până la 60% din plantele sale vasculare sunt unice pentru țară. Rata pierderii biodiversității se reflectă în unele constatări șocante. Începând din 2006, puțin peste 20 la sută din speciile de vertebrate au fost clasificate ca fiind amenințate de Uniunea Internațională pentru Conservarea Naturii. Aproximativ 127 de specii de păsări sunt considerate amenințate, iar cacatul filipinez nativ, cândva răspândit, este acum în pericol critic.