Talvez a maneira mais importante de os esporos de fungos diferirem dos endosporos bacterianos é que os fungos são classificados como os chamados fungos superiores. Como tal, eles apresentam o que os biólogos chamam de tipo de célula eucariótica. Os endosporos bacterianos, por outro lado, se formam a partir de bactérias que são - como um grupo - classificadas como tendo o tipo de célula procariótica. A diferença entre a célula procariótica e a célula eucariótica é fundamental na biologia. Em termos mais simples, a célula bacteriana é estruturalmente muito mais simples.
A célula eucariótica - como as dos esporos de fungos - está repleta de um complexo de estruturas celulares chamadas organelas. As organelas realizam todos os tipos de funções celulares e uma das organelas mais conspícuas é o núcleo. O núcleo da célula eucariótica de esporos de fungos contém o DNA que permite que a célula funcione e se reproduza. Isso contrasta com os endosporos bacterianos nos quais o DNA está mais ou menos livre no citoplasma da célula.
Além do núcleo, a célula de esporos de fungos eucarióticos contém organelas como o retículo endoplasmático ou ER. O ER é essencialmente como um labirinto de membranas dobradas em que muitos processos bioquímicos vitais para a célula são realizados. Em esporos de fungos, o ER está conectado ao envelope nuclear, uma membrana que envolve o núcleo da célula. Nos endosporos bacterianos, esse arranjo está ausente.
Os endosporos bacterianos não apresentam virtualmente nenhum nível de sofisticação celular presente nos esporos de fungos eucarióticos. Outra distinção entre endosporos bacterianos e esporos de fungos - além de sua diferença fundamental de tipo de célula - é o papel que desempenham nas histórias de vida de seus respectivos organismos. Um endosporo bacteriano é uma estrutura resistente que se forma dentro da célula de uma bactéria. Ao contrário dos esporos de fungos, o endosporo bacteriano é especialmente adaptado para resistir a condições ambientais adversas. Uma característica fundamental dos endosporos bacterianos é um composto denominado ácido dipicolínico. Este composto, embora não seja prevalente em esporos de fungos, é fundamental para mediar a resistência dos endosporos bacterianos a condições ambientais adversas.
Existem inúmeras outras diferenças entre os endosporos bacterianos e os esporos de fungos. A maioria deles tem, novamente, a ver com a distinção fundamental entre a célula eucariótica e a célula procariótica. Muitas outras organelas, além das já descritas, estão presentes nos esporos do fungo, mas ausentes no endosporo bacteriano. Isso inclui uma estrutura chamada aparelho de Golgi e outras como o chamado nucléolo. O nucléolo é uma estrutura dentro do núcleo das células eucarióticas e é ativo na síntese de proteínas crítica para a função celular. Os endosporos bacterianos realizam muitas das mesmas funções vitais essenciais dos esporos de fungos, mas o fazem sem os benefícios das sofisticadas organelas presentes nos esporos de fungos.