As árvores coníferas apresentam dois tipos de cones: o cone de pólen e o cone de semente. Algumas coníferas têm os dois tipos de cones na mesma árvore, tornando possível que a árvore se polinize. A polinização cruzada ocorre quando uma árvore produz apenas cones de sementes e, portanto, deve ser fertilizada pelo pólen que vai para os cones de sementes de cones localizados em outras árvores próximas.
Os cones de pólen são caracteristicamente menores e mais largos do que os cones de sementes. Os cones de pólen tendem a ir para onde e morrer quando o pólen dentro dos cones é liberado para fertilizar os cones da semente. Em sua fase dormente, um botão de conífera pode ser masculino, feminino ou vegetativo. A distinção entre os tipos de botões nesta fase só é possível por dissecção. Uma pista que pode ajudar na identificação do cone de pólen é sua localização. Os cones das sementes tendem a se desenvolver mais acima na árvore para ajudar na dispersão, uma vez que as sementes são polinizadas.
Os cones de sementes são comumente usados para identificar o tipo de árvore porque eles permanecem na árvore ou embaixo dela por um longo período de tempo. Os finos botões do cone da semente incham por quatro a seis semanas até que as escamas ovulíferas com pontas vermelhas ou verdes comecem a emergir. As escamas tendem a dobrar para cima a partir da base do cone e, em seguida, cair para baixo após aceitar o pólen dos cones para iniciar o desenvolvimento da semente e sinalizar a maturidade do cone.
Algumas coníferas não possuem pólen nem cones de sementes. Em vez disso, a árvore produz frutos que cobrem parcialmente as sementes. O teixo canadense é um exemplo de conífera produtora de arilo que contém uma cobertura carnuda para conter as sementes da árvore. A fim de evitar a perda excessiva de sementes devido a predadores de animais e pássaros que desejam se alimentar do fruto do teixo, esta árvore se adaptou para que seu fruto seja tóxico e as sementes sejam deixadas imperturbável.
As coníferas cônicas, ou pinófitas, são classificadas como gimnospermas (sem sementes) porque seus óvulos e sementes não estão incluídos nos ovários ou em coberturas protetoras de frutas. Se uma conífera tem pólen e cones de semente na mesma árvore, ela é ainda classificada como esporófito diplóide. Uma vez que as sementes são formadas após a polinização, as escamas do cone se abrem para liberar as sementes para dispersão pela água, vento e movimento do homem e dos animais.