As relações entre diferentes animais são estabelecidas por meio da taxonomia. Taxonomia é a classificação dos seres vivos. Essas classificações são divididas da seguinte forma, desde o maior agrupamento até uma espécie individual de animal: Reino, filo, subfilo, classe, ordem, família, gênero, espécie. Os animais que pertencem à mesma espécie são parentes muito próximos, e os animais do mesmo reino são parentes muito distantes. Por exemplo, todos os animais fazem parte de um reino, Animalia, e todas as plantas fazem parte do reino Plantea.
Todas as aranhas e caranguejos estão no filo Arthopodia, assim como todos os insetos. Os artrópodes se distinguem fisicamente pelo fato de que todos têm pernas segmentadas e articuladas e têm um exoesqueleto. Embora tanto os caranguejos quanto as aranhas estejam agrupados no mesmo filo, isso não significa que eles sejam necessariamente parentes próximos. Por exemplo, todos os animais com espinha estão no filo Cordata. Mas é claro que, embora peixes e macacos tenham espinhos, eles são muito diferentes.
A divisão entre as aranhas e a maioria dos caranguejos ocorre no nível do subfilo. As aranhas estão no subfilo Cheilcerata, enquanto a maioria dos caranguejos estão no subfilo Mandibulata. A grande diferença é que os caranguejos têm uma mandíbula, um tipo de mandíbula, e as aranhas têm quelíceras, que são partes da boca que aparecem antes da boca. As “presas” das aranhas são as quelíceras.
Os caranguejos-ferradura estão no mesmo subfilo das aranhas, Cheilcerata. Isso torna os caranguejos-ferradura mais parentes das aranhas do que até mesmo com outros caranguejos. Como as aranhas, os caranguejos-ferradura não têm mandíbula e, em vez disso, têm quelíceras na frente de suas partes bucais. As aranhas e os caranguejos-ferradura são divididos por nível de classe. As aranhas estão na classe Arachnida, enquanto os caranguejos-ferradura estão na classe Merostomata.
Outra criatura parecida com caranguejo existia e é classificada também no subfilo Cheilcerata. Eles são chamados de "escorpiões do mar". Eles foram extintos há cerca de 250 milhões de anos. Esses “escorpiões” tinham um ferrão maior na parte de trás da cauda e chegavam a ter mais de 2 metros de comprimento. Isso os torna possivelmente o maior artrópode que já existiu. Sua inclusão no subfilo Cheilcerata torna esses antigos escorpiões semelhantes a caranguejos também mais parentes das aranhas do que dos caranguejos.