Allel jest możliwą sekwencją kodującą genu. Powszechnym nieporozumieniem lub błędną terminologią jest to, że istnieją geny odpowiedzialne za określone cechy. Geny kontrolują różne cechy organizmu, takie jak kolor włosów lub kolor oczu, ale rzeczywista ekspresja cechy zależy od dominującego allelu. Na przykład gen określający kolor oczu u ludzi może mieć allel brązowych oczu i allel niebieskich oczu lub allel brązowych oczu i jeden zielony. Ludzie, podobnie jak inne formy życia, które mają dwie kopie każdego chromosomu, mają również dwie kopie każdego genu do przechowywania alleli.
Każda z dwóch kopii genu, po jednej na każdym chromosomie, zawiera allel. Homozygotyczność występuje, gdy dwie kopie genów zawierają ten sam allel dla określonego fenotypu lub wyrażanej cechy. Heterozygotyczność występuje, gdy te dwa allele są różne. Fenotypy mogą być dominujące lub recesywne. Jeśli fenotyp jest dominujący, musi być obecny tylko jeden z alleli. Jeśli jest recesywny, oba allele muszą być obecne.
Według Urzędu Edukacji Stanu Utah do przewidywania prawdopodobieństwa można użyć kwadratu Punnetanne że określony genotyp pojawi się u potomstwa poprzez pobranie alleli obojga rodziców i połączenie im. Genotyp wpłynie na fenotyp, w zależności od tego, czy allele są dominujące czy recesywne. Podstawowy kwadrat Punneta jest podzielony na cztery mniejsze kwadraty. Możliwe geny jednego rodzica są wymienione nad dwoma górnymi kwadratami, a drugi obok niego biegnie pionowo w dół po lewej stronie. Wielkie litery oznaczają allele dominujące, a małe litery oznaczają allele recesywne. Na przykład homozygotyczny dominujący gen brązowych oczu zostałby zapisany jako BB, a heterozygotyczny jako Bb. Homozygotyczny gen recesywny zostałby zapisany jako bb. Biorąc litery sąsiadujące z każdym kwadratem, dla krzyżówki Bb x Bb, prawdopodobieństwo genotypu BB wynosiłoby 25 procent, Bb 50 procent i bb 25 procent. Według sciencekidsathome.com pod względem fenotypu potomstwo ma 75% szans na brązowe oczy, ponieważ brązowe oczy są dominującym fenotypem.