Mikroorganizmy znalezione w ściekach pochodzą z dwóch źródeł – gleby i ścieków sanitarnych. Według strony internetowej Mountain Empire Community College jeden mililitr ścieków zawiera zazwyczaj od 100 000 do 1 miliona mikroorganizmów. Podczas gdy większość z tych organizmów, takich jak różne rodzaje bakterii, odgrywa kluczową rolę w rozkładzie odpadów i jest uważane za integralny składnik materii organicznej, niektóre są patogenne lub przenoszące choroby i stanowią zagrożenie dla społeczeństwa wrzosowisko.
Bakterie pasożytnicze
Bakterie to organizmy jednokomórkowe, które namnażają się w zawiesinie, takiej jak osad. Kiedy napotykają zapas składników odżywczych, żywią się, pobierając pokarm bezpośrednio przez ścianę komórkową i szybko się rozmnażają. Wśród wielu rodzajów bakterii obecnych w ściekach, najczęstszymi są bakterie coli typu kałowego, które powstają w jelitach człowieka i przemieszczają się przez ludzkie wydzieliny. Te pasożytnicze bakterie wymagają żywego organizmu lub żywiciela oraz łatwo dostępnego pożywienia.
Bakterie chorobotwórcze
Specyficzne formy bakterii pasożytniczych wytwarzają toksyny wywołujące chorobę w organizmie żywiciela. Te chorobotwórcze typy bakterii mogą być wydalane przez osoby cierpiące na czerwonkę, cholerę, dur brzuszny i inne choroby jelit. Patogeny zwykle występujące w ściekach to Salmonella, Shigella, E. coli, Streptococcus, Pseudomonas aeroginosa, mycobacterium i Giardia Lamblia, według strony internetowej Water Quality and Health Council. Wybuchy Shigellozy wynikają ze słodkowodnych skorupiaków zanieczyszczonych przez przepływy ścieków, jak kronikują amerykańskie Centra Kontroli i Zapobiegania Chorobom. Ze względu na wzrost populacji i zwiększone zrzuty do ścieków, wynikająca z tego liczebność bakterii chorobotwórczych przytłacza naturalne procesy rozkładu i rozcieńczania.
Bakterie saprofityczne
Bakterie saprofityczne pożerają martwe substancje organiczne, co pomaga rozkładać odpady na nieorganiczne i organiczne produkty uboczne. Bakterie te odgrywają kluczową rolę w oczyszczaniu ścieków, ułatwiając lub przyspieszając proces rozkładu materii organicznej. Bez bakterii saprofitycznych rozkład nie może nastąpić. Różne gatunki bakterii saprofitycznych giną po odegraniu swojej roli na odpowiednim etapie rozkładu.
Wirusy
Wśród drobnoustrojów znajdujących się w ściekach są wirusy, które są organizmami pasożytniczymi, które potrzebują żywej materii do odżywiania się, wzrostu i rozmnażania. Wirusy chorobotwórcze występujące w ściekach obejmują polio i zapalenie wątroby. W ściekach ściekowych znajdują się również różne wirusy jelitowe, takie jak Coxsackie, adenowirus i ECHO lub jelitowe cytopatyczne ludzkie sieroty. Innym powszechnym rodzajem wirusa w ściekach, który żeruje na bakteriach, ale nie na ludziach, jest fag lub bakteriofag. W przeciwieństwie do bakterii, ilość wirusów chorobotwórczych w ściekach jest niewielka. Według strony internetowej Mountain Empire Community College wśród około miliona bakterii z grupy coli może istnieć jeden zakaźny wirus.