W przeciwieństwie do jezior i stawów, rzeki są systemami otwartymi, w których występuje częsta wymiana wody. Mimo to organizmy zależne od rzek wymagają pewnej równowagi. Różne wskaźniki dają miarę jakości rzeki. Pomiary te obejmują rozpuszczony tlen, temperaturę i pH, które jest miarą stężenia jonów wodorowych.
Skala pomiaru pH sięga od 0 do 14, gdzie 7 lub mniej reprezentuje środowisko kwaśne, a odczyt powyżej 7 wskazuje środowisko alkaliczne.
Badanie opublikowane w czasopiśmie Nature bezpośrednio powiązało kwasowość norweskich rzek i jezior z kwaśnymi deszczami, które zdziesiątkowały lokalne populacje łososia i pstrąga.
Niski poziom pH powoduje zabijanie ryb przez stresowanie systemów zwierzęcych i powodowanie uszkodzeń fizycznych, co z kolei czyni je bardziej podatnymi na choroby.
Inne czynniki zewnętrzne, które mogą powodować wahania pH rzeki, to spływy rolnicze, kwaśne kopalnie drenaż (AWD) i emisje z paliw kopalnych, takie jak dwutlenek węgla, który po rozpuszczeniu w rzece tworzy słaby kwas woda.
Testowanie poziomów pH wskazuje kwasowość lub zasadowość próbki. Rzeki mają pewną zdolność zapobiegania zmianom pH poprzez strukturę i skład koryta rzeki. Jednak drastyczne zmiany pH mogą mieć szkodliwy wpływ na zdrowie rzek.