Mikroskop to jedno z najważniejszych narzędzi mikrobiologa. Został wynaleziony w XVII wieku, kiedy Anton van Leeuwenhoek zbudował prosty model tuby, soczewki powiększającej i sceny, aby dokonać pierwszych wizualnych odkryć bakterii i krążących krwinek. W dzisiejszych czasach mikroskopia jest niezbędna w medycynie do dokonywania nowych odkryć komórkowych, a typy mikroskopów można klasyfikować na podstawie fizycznych zasad, których używają do generowania obrazu.
Mikroskopy świetlne
Niektóre z najczęściej spotykanych w laboratoriach teleskopów wykorzystują widzialne światło do oświetlania i powiększania obiektu. Najbardziej podstawowy luneta, prosekcyjny lub stereomikroskop, pozwala na jednoczesne oglądanie całego organizmu, pokazując szczegóły, takie jak czułki motyla, przy powiększeniu od 100x do 150x. Lunety złożone, używane do większej szczegółowości komórek, zawierają dwa typy soczewek, które powiększają organizmy jednokomórkowe od 1000 do 1500 razy. Bardziej wyspecjalizowane są mikroskopy z ciemnym polem i kontrastem fazowym, które rozpraszają światło, aby uchwycić nie tylko żywe komórki, ale nawet wewnętrzne części komórek, takie jak mitochondria.
Mikroskopy fluorescencyjne
Mikroskop fluorescencyjny lub konfokalny wykorzystuje światło ultrafioletowe jako źródło światła. Kiedy światło ultrafioletowe uderza w przedmiot, wzbudza elektrony przedmiotu, emitując światło w różnych kolorach, które mogą pomóc w identyfikacji bakterii wewnątrz organizmu. W przeciwieństwie do lunet złożonych i preparacyjnych, mikroskopy fluorescencyjne pokazują obiekt przez otworek konfokalny, więc pełny obraz próbki nie jest pokazywany. Zwiększa to rozdzielczość, odcinając zewnętrzne światło fluorescencyjne i budując czysty trójwymiarowy obraz próbki.
Mikroskopy elektronowe
Źródłem energii wykorzystywanym w mikroskopie elektronowym jest wiązka elektronów. Wiązka ma wyjątkowo krótką długość fali i znacznie zwiększa rozdzielczość obrazu w mikroskopii świetlnej. Całe obiekty są pokryte złotem lub palladem, który odchyla wiązkę elektronów, tworząc ciemne i jasne obszary jako obrazy trójwymiarowe oglądane na monitorze. Można uchwycić szczegóły, takie jak skomplikowane muszle krzemionkowe morskich okrzemek i szczegóły powierzchni wirusów. Zarówno transmisyjne mikroskopy elektronowe (TEM), jak i nowsze skaningowe mikroskopy elektronowe (SEM) należą do tej wyspecjalizowanej kategorii mikroskopii.
Mikroskopy rentgenowskie
Jak sama nazwa wskazuje, mikroskopy te wykorzystują wiązkę promieni rentgenowskich do tworzenia obrazu. W przeciwieństwie do światła widzialnego, promienie rentgenowskie nie odbijają się ani nie załamują łatwo i są niewidoczne dla ludzkiego oka. Rozdzielczość obrazu mikroskopu rentgenowskiego mieści się między rozdzielczością mikroskopu optycznego a rozdzielczością elektronu mikroskopu i jest wystarczająco czuły, aby określić indywidualne rozmieszczenie atomów w cząsteczkach a of kryształ. W przeciwieństwie do mikroskopii elektronowej, w której przedmiot jest suszony i utrwalany, te wysoce wyspecjalizowane mikroskopy są w stanie pokazać żywe komórki.