Morze Śródziemne jest otoczone przez 20 narodów, a w okolicznych regionach mieszka ponad 400 milionów ludzi. Jednak wszystkie zwierzęta z Morza Śródziemnego są z kilku powodów narażone na poważne zagrożenia. Obejmuje to przełowienie i pewną liczbę zabitych ryb jako niezamierzony przyłów, co obejmuje również wieloryby i delfiny. Dodatkowo działalność człowieka na tym obszarze jest odpowiedzialna za narażanie zwierząt na kolizje ze statkami, niszczenie siedlisk, zanieczyszczenie hałasem, zanieczyszczenie tworzywami sztucznymi i chemikaliami.
Żółwie karłowate
Mięsożerny żółw karetta jest najczęściej spotykanym żółwiem śródziemnomorskim. Jeden z największych żółwi morskich Chelonia, czerwonobrązowy karetta, nosi na swojej skorupie więcej inkrustujących organizmów, takich jak pąkle, niż inne żółwie morskie. Wiadomo, że masowo migrujące żółwie karetta odbyły jedne z najdłuższych podróży ze wszystkich gatunków żółwi morskich. Migracja sprawiła, że żółwie zostały przypadkowo schwytane w sieci światowego rybołówstwa.
Rekiny i płaszczki
W Morzu Śródziemnym występuje kilka rodzajów rekinów i płaszczek. Obejmuje to rekina krótkopłetwego (Isurus oxyrinchus), żarłacza trąbkowego (Lamna nasus), gigantycznego diabła płaszczka (Mobula mobular) i płaszczka maltańska obejmująca dno morskie, znana również jako łyżwa maltańska (Leucoraja melitense). Jednak żarłacz biały (Carcharodon carcharias) jest jednym z 30 gatunków rekinów i płaszczek zagrożonych wyginięciem, według strony internetowej National Geographic.
Pieczęć mnicha śródziemnomorskiego
Mniszka śródziemnomorska (Monachus monachus) jest jednym z najrzadszych zwierząt na ziemi. Foka ma jednorodny brązowy korpus z dolnym, żółtawo-białym spodem. Nazwa pieczęci wzięła się stąd, że jej kolor przypomina habit mnicha. Mniszki ważą do 400 funtów i żyją od 20 do 30 lat. Jego dieta składa się z ośmiornic, mięczaków i ryb. Mniszka mniszka jest najbardziej zagrożonym gatunkiem płetwowatych. Według Światowej Federacji Dzikiej Przyrody na ziemi pozostało prawdopodobnie mniej niż 400 osobników.
Wieloryby i delfiny
W Morzu Śródziemnym występuje około 20 różnych gatunków wielorybów i delfinów, z których osiem jest mieszkańcami. Dotyczy to kaszalotów, orków, delfinów butlonosych i delfinów pospolitych. Delfin pospolity, niegdyś najliczniejszy gatunek delfinów w Morzu Śródziemnym, jest obecnie klasyfikowany jako zagrożony, według Towarzystwa Ochrony Wielorybów i Delfinów.
Ryba morska
Ryby morskie występujące w Morzu Śródziemnym obejmują gatunki komercyjne, takie jak labraks (Dicentrarchus labrax), morszczuk ((Merluccius merluccius), tuńczyk błękitnopłetwy (Thunnus thynnus) i granik (Epinephelus marginesu). Jednak wszystkie ryby są zagrożone wyginięciem, według strony internetowej Międzynarodowej Unii Ochrony Przyrody. W Morzu Śródziemnym występuje ponad 40 gatunków ryb morskich, które mogą zniknąć w ciągu najbliższych kilku lat, przy czym 12 gatunków ryb kostnych również jest zagrożonych wyginięciem.
Rozdymka tygrysia
Trująca ryba rozdymkowata (Lagocephalus sceleratus) jest jednym z ponad 900 gatunków obcych ryb, które w ciągu ostatnich kilkudziesięciu lat znaleziono we wschodnich regionach przybrzeżnych Morza Śródziemnego. Według strony internetowej Physorg inwazja zmienia cały łańcuch pokarmowy. Ukończenie Kanału Sueskiego w 1869 stworzyło korytarz, który umożliwił rozprzestrzenianie się obcych gatunków na Morzu Śródziemnym. Oddziaływanie obcych gatunków określane jest mianem skażenia biologicznego.