Ekosystem morski znajduje się pod silnym stresem; w wielu obszarach warunki niezbędne do podtrzymywania życia są zagrożone lub nie istnieją. Niszczenie siedlisk morskich jest szczególnie powszechne wzdłuż wybrzeży, gdzie populacje ludzkie wzrosły. Utrata siedlisk, zanieczyszczenie, przełowienie, destrukcyjne praktyki połowowe oraz globalne ocieplenie wszystkie szkodzą środowisku morskiemu. .
Linia brzegowa
Utrata siedlisk, zanieczyszczenie, spływ i zwiększone zasolenie niszczą rafy koralowe, trawy morskie i inne siedliska ptaków i ryb. Ponieważ przybrzeżne tereny podmokłe są wypełniane, aby pomieścić rosnące populacje ludzkie, spiętrzenie rzek zmniejsza przepływ słodkiej wody, spowalnia spływ składników odżywczych i hamuje migrację ryb. Mniej słodkiej wody oznacza większe zasolenie na terenach podmokłych i ujściach rzek, co szkodzi trawom oczyszczającym wodę płynącą do morza. Erozja spowodowana wylesianiem wysyła muł do rzek, strumieni, a ostatecznie do oceanu, blokując światło słoneczne potrzebne do przetrwania raf koralowych.
Przełowienie
Biologowie zajmujący się rybołówstwem obliczają maksymalny podtrzymywalny połów w celu oszacowania ilości ryb, które można odłowić z populacji bez narażania jej długoterminowej żywotności. W latach 1974-1999 udział połowów przekraczających maksymalny podtrzymywalny połów dorsza potroił się, z 10 do 30 procent. Według Center for Ocean Solutions, od początku lat 90. całkowity połów w jednym z największych na świecie wydajne rybołówstwo na Morzu Ochockim zmniejszyło się od dwóch do dwóch i pół razy z powodu przełowienie. Na Oceanie Spokojnym ponad połowa narodów wyspiarskich nie zarządza swoimi rafami koralowymi w sposób zrównoważony.
Dno morskie
Stosując praktykę znaną jako trałowanie denne, komercyjne statki rybackie przeciągają po dnie morza duże sieci przyczepione do dużych ciężarów. Gatunki docelowe to krewetki, dorsze, sola i flądra, ale chwytane jest wszystko, co znajduje się na dnie morskim. Włoki denne mogą spowodować trwałe uszkodzenie ekosystemu morskiego, a przyłowy (gatunki niedocelowe, takie jak żółwie morskie, ptaki morskie i ssaki) są po prostu wyrzucane za burtę. Przyłów może sięgać 90% całkowitego połowu, a zagrożone ryby i koralowce głębinowe często giną.
Zakwaszenie
Wraz z ocieplaniem się klimatu ocean pochłania więcej dwutlenku węgla, przez co staje się bardziej kwaśny. Zwiększona kwasowość hamuje zdolność organizmów morskich do tworzenia muszli, w tym maleńkich zwierząt zwanych planktonem, które stanowią podstawę sieci pokarmowej oceanu. Niektórzy badacze sugerują, że spowoduje to również, że niektóre gatunki morskie będą emitować mniej związków siarki, które sprzyjają tworzeniu się chmur, co chłodzi Ziemię. Modele klimatyczne przewidują, że spowoduje to dodatkowe ocieplenie o 0,5 stopnia Celsjusza (0,28 stopnia Fahrenheita) w tym stuleciu.