Położona częściowo w północnych Andach, z liniami brzegowymi zarówno na Oceanie Spokojnym, jak i Morzu Karaibskim, Unikalna geografia Kolumbii sprawia, że w jej granicach znajduje się pięć bardzo charakterystycznych ekosystemów: alpejska tundra lub paramo; Las deszczowy; lasy chmurowe na dużych wysokościach; regiony przybrzeżne; i równiny - lub los llanos. Ponieważ Kolumbia jest tak blisko równika, nie podlega znacznym wahaniom sezonowym.
Paramos
Paramos to wysokogórskie ekosystemy tropikalne, które dopiero zaczynają być rozumiane przez społeczność naukową. Badania wykazały, że te unikalne ekosystemy generują nowe gatunki szybciej niż jakikolwiek inny ekosystem na Ziemi. Kolumbijskie paramos są domem dla 68 gatunków frailejones, roślin kwitnących, które wychwytują wodę z przelatujących mgieł. Wraz z porostami i mchem ekosystemu frailejones filtrują i regulują wodę, która ostatecznie spływa w niższe wzniesienia Kolumbii. Kolumbijskie paramos są również domem dla około 5000 innych unikalnych gatunków roślin.
Lasy chmur
Tuż pod paramos na wzniesieniu znajdują się lasy chmur w Kolumbii. Lasy te wchodzą w skład krajowego parku narodowego Las Orquídeas, którego nazwa pochodzi od znalezionych tam ponad 200 gatunków storczyków. Lasy chmurowe zawierają również wiele innych gatunków rodzimych dla Kolumbii, w tym gatunki jaguarów, pumy, małp, jeleni, ptaków, nietoperzy i owadów. Lasy chmurowe są również domem dla zagrożonego niedźwiedzia okularowego. Naukowcy są przekonani, że zmiany klimatyczne mogą wpływać na ulubione rośliny niedźwiedzia, zmuszając je do głębszych i dalszych poszukiwań pożywienia i być może narażając je na konkurencję z innymi gatunkami.
Amazoński las deszczowy
Około jedna trzecia Kolumbii jest pokryta Amazonką; podobnie jak reszta największego na świecie lasu deszczowego, obszar ten jest domem dla wielu unikalnych gatunków. W 2013 roku naukowcy ujawnili odkrycie dwóch nowych gatunków w kolumbijskiej Amazonii: Cercosaura hypnoides i Callicebus caquetensis. Cercosaura hypnoides to mała czarna jaszczurka uważana za zagrożoną, a Callicebus caquetensis jest jednym z około 20 gatunków małp titi żyjących w Amazonii. Kiedy te małpy są niemowlętami, okazują swoje zadowolenie i uczucie mrucząc, jak kocięta.
Regiony przybrzeżne
Położone na granicach ekosystemów wodnych i lądowych regiony przybrzeżne Kolumbii są domem głównie dla lasów namorzynowych. Ze względu na dużą ilość rozkładającej się materii organicznej te przybrzeżne ekosystemy są domem dla dużej liczby ryb. Lasy namorzynowe zawierają liczne gatunki namorzynów, a także rosnącą populację małży morskich i mięczaków; lokalne społeczności często zbierają małże znane jako piangua hembra. W lasach namorzynowych zamieszkuje wiele ssaków, w tym koty tygrysie, nutrie i dzikie świnie znane jako „tatabro”.
Los Llanos (Równiny)
Murawy, zwane Los Llanos, znajdują się głównie wokół dorzecza rzeki Orinoko, położonego między Kolumbią a Wenezuelą. Sama rzeka jest domem dla rodzimego i zagrożonego krokodyla Orinoko, o którym wiadomo, że osiąga 23 stopy długości. Żółw Orinoco, wydra olbrzymia, pancernik olbrzymi i orzeł czarno-kasztanowy to inne zagrożone gatunki Los Llanos. Równiny są również siedliskiem licznych ptaków wędrownych, takich jak żółtonogi i kilka gatunków brodźców.
