Kambodża ma trzeci najwyższy wskaźnik wylesiania na świecie, motywowany pozyskiwaniem drewna i wycinką zupełną dla rolnictwa. Wylesianie niszczy siedliska i zaburza równowagę delikatnych gleb tropikalnych. Bez drzew utrzymujących glebę i uzupełniających materię organiczną ściółką z liści, gleba szybko ulega erozji i traci wiele ze swojej żyzności w pierwszych kilku latach uprawy.
Ekosystemy przybrzeżne Kambodży, z których wiele to lasy namorzynowe, stanowiące ważne tarliska dla ryb i chroniące przed powodziami, są zagrożone przez kilka czynników. Ekosystemy przybrzeżne są dławione przez osady wymywane luźno z niedawno wylesionych obszarów w głębi lądu. Wody te zawierają również niebezpieczne pestycydy i nawozy. Źle uregulowane hodowle krewetek powodują wykarczowanie namorzynów i uwalnianie nadmiaru składników odżywczych do wody, co powoduje przerost glonów i zakłócenie ekosystemu.
Wraz z uprzemysłowieniem Kambodży ludzie gromadzą się na obszarach miejskich, które rozwijają się zbyt szybko, by infrastruktura sanitarna mogła nadążyć. Wiele obszarów nie ma kanalizacji lub są one w najlepszym razie niesprawne. Ścieki i ścieki przemysłowe zanieczyszczają wody gruntowe i powierzchniowe na wielu obszarach miejskich. Niebezpieczne odpady stałe często trafiają na otwarte składowiska, gdzie mogą przedostać się do wód gruntowych lub zostać zdmuchnięte przez wiatr.