Hva er opptelling i mikrobiologi?

Mikrobiologi er studiet av mikroorganismer: mikroskopiske eller knapt synlige encellede livsformer som bakterier, archaea, protozoans og noen sopp, og til og med noen ekstremt små flercellede planter, dyr og sopp. Mikrobiologer studerer også livaktige ikke-organiske fenomener som virus, prioner, viroider og virioner. "Mikrobe" er en betegnelse for alle disse enhetene. Oppregning i mikrobiologi er bestemmelsen av antall individuelle levedyktige mikrober i en prøve; fire grunnleggende teknikker er mulig.

Et direkte mål for mikrobiell opptelling er standard platetall, også kalt en levedyktig telling. For denne tellingen dyrker du en prøve ved å fortynne den, plassere den på platene med dyrkningsmedium og ruge dem i en bestemt tid. Deretter teller du antall kolonier og bruker dette tallet til å utlede det opprinnelige antallet mikrober i prøven. Teknisk sett gir ikke platetall antall individuelle mikrober, men snarere "kolonidannende enheter, "fordi du ikke kan vite sikkert om hver koloni faktisk kom fra en enkelt mikrobe eller fra en liten gruppe mikrober. Imidlertid blir disse tellingene ansett som veldig nøyaktige for å estimere antall mikrober i originale prøver. Ulempene er at denne testen er tid- og plasskrevende og krever spesialutstyr som må forberedes riktig.

Direkte mikroskopiske tellinger, også kalt totale celletall, er en annen form for direkte opptelling. Først deler du en prøve i et antall like store kamre. Deretter bestemmer du gjennomsnittlig antall mikrober per kammer ved å telle noen eller alle under et mikroskop. Til slutt bruker du dette gjennomsnittet for å beregne tallet i den opprinnelige enheten. Den største ulempen ved direkte mikroskopiske tellinger er at det er vanskelig å skille levende mikrober fra døde, så denne metoden gir kanskje ikke en nøyaktig levedyktig oppregning.

Grumlighetstester er former for indirekte oppregning. Grumhet er uklarhet i en væske. I turbidimetrisk måling setter du en prøve i løsning, måler den nye løsningens uklarhet ved å skinne lys gjennom den med et spektrofotometer, estimer deretter antall levende mikrober det ville ta for å produsere det observerte uklarhetsnivået. Ulempen her er at noen allerede har gjort mange standard platetellinger av den aktuelle mikroben for å lage prøveløsninger med varierende turbiditet, slik at du har en standard for å måle din nåværende prøve imot. Du må også passe deg for å konsentrere prøven din for mye, fordi et turbidimetrisk antall bare er nøyaktig hvis ingen mikrober i prøven blokkerer noen andre. I en visuell turbiditetssammenligning sammenligner du turbiditeten til prøven din med turbiditeten til en enhet av samme størrelse og kjent mikrobieltall, og estimerer en oppregning basert på denne sammenligningen.

To andre former for indirekte oppregning er massebestemmelse og mikrobiell aktivitetsmåling. For en massebestemmelse, veier du mengden biologisk materie i prøven din, sammenlign denne vekt til en standardkurve for kjente mikrobielle tellinger og estimer det opprinnelige mikrobielle tallet ut fra dette sammenligning. For en måling av mikrobiell aktivitet måler du mengden av et biologisk produkt i prøven din, for eksempel metabolsk avfall, sammenlign deretter dette med en standardkurve for kjente tellinger og estimer opptellingen din fra dette sammenligning.