Mikroskopet brukes i en rekke vitenskapelige felt for mange forskjellige formål. Enten det er i rettsmedisin eller tradisjonell medisinsk vitenskap, er mikroskopet et uunnværlig instrument.
Vevsanalyse
Det er vanlig at histologer studerer celler og vev ved hjelp av mikroskopet. For eksempel, hvis en del av vevet blir tatt for analyse, kan histologer bruke et mikroskop i kombinasjon med andre verktøy for å avgjøre om prøven er kreft.
Undersøkelse av rettsmedisinsk bevis
Bevis samlet inn på et åsted kan inneholde informasjon som ikke er synlig for det blotte øye. For eksempel kan striasjoner i kuler undersøkes under et mikroskop for å se om de samsvarer med kuler skutt fra en bestemt pistol.
Bestemme helsen til et økosystem
Det er vanlig at feltbiologer overvåker helsen til et bestemt økosystem, for eksempel en strøm, ved å bruke mikroskop for å identifisere antall og mangfold av organismer i en bestemt region over tid.
Studerer rollen til et protein i en celle
Forskere finner mikroskop et uvurderlig verktøy når de studerer funksjonen til proteiner i celler. Med dagens teknologi kan mange proteiner merkes med en merke og studeres i levende celler.
Studerer atomstrukturer
Kraftige mikroskoper som atomkraftmikroskop har hjulpet forskere i å studere overflatene til individuelle atomer.