Mikrobiologer studerer egenskaper ved mikroorganismer som alger, protozoer, bakterier, sopp og virus ved hjelp av et mikroskop. Mens noen organismer som protozoer og gjærceller er lette å observere ved bruk av en våt montering, krever bakterieceller farging. Forskere utviklet flere metoder som gramfarging, syrefast farging og fluorescerende farging for bedre visualisering av bakterieceller og mobilstrukturer. Ved å bruke slike fargemetoder er det mulig å identifisere strukturelle trekk som hjelper til med å klassifisere bakterier.
Bedre visualisering
Bakterieorganismer er så små at de fleste av dem bare er synlige under et mikroskop med en forstørrelseskraft på 1000X. Imidlertid gir bare forstørrelse av størrelse ikke tilstrekkelig grad av klarhet, slik at bakterier derfor må farges før observasjon for å gi klarheten som er nødvendig for visualisering.
Identifikasjon og klassifisering
Farging av bakterier for å skille mellom bakterietyper er kjent som differensialfarging. Gram-flekken er en slik differensiell flekk som skiller mellom bakterier på grunnlag av cellevegginnholdet. I denne metoden reagerer bakteriecellene med en krystallfiolett flekk for å ta en fiolett farge. Ved tilsetning av et avfargingsmiddel mister noen bakterieceller farge mens andre ikke gjør det. Når safranin flekk tilsettes, tar de avfargede cellene flekken for å fremstå som røde mens bakteriecellene som ikke mister fargen forblir fiolette. Bakteriecellene som tar opp den røde fargen kalles gramnegative organismer, og de som ikke tar opp fargen er klassifisert som grampositive organismer. Gramfarging gir en rask metode for første identifisering av bakterier involvert i infeksjoner. Tilsvarende hjelper den syrefaste fargingsprosedyren til å spesifikt identifisere organismer som tilhører klassen av bakterier som kalles Mycobacteria, for eksempel Mycobacterium tuberculosis.
Oppdagelse av levedyktighet
I bakteriekulturprøver er det ofte viktig å oppdage tilstedeværelsen av levende bakterieceller. Fargemetoder som fluorescerende farging hjelper til med å identifisere om kulturceller er levedyktige eller ikke. Levende bakterier har evnen til å omdanne 5-Cyano-2,3-ditolyl Tetrazolium Chloride (CTC) flekk til et fargestoff som viser en rød fluorescens. Derfor, når kulturer farget med CTC avgir slik fluorescens, indikerer det tilstedeværelsen av levedyktige bakterier. Propidiumjodid er en flekk som bare virker på ikke-levende celler som har skadede membraner, og er derfor nyttig for å identifisere døde bakterieceller.
Identifikasjon av mobilstrukturer
Farging gir en metode for å tydelig visualisere flere mobilstrukturer. For eksempel tillater Fuelgen-fargemetoden identifikasjon av kjernen i bakterieceller, mens Albert's flekk er nyttig for å visualisere metakromatisk granulat. På samme måte tillater sølvimpregneringsteknikken identifikasjon av spiroketer. Flagella er lette å observere når de farges med Ryus flekk. Malakittgrønn farging hjelper til med å identifisere bakteriesporer.