En allel er en mulig kodende sekvens av et gen. En vanlig misforståelse eller mangelfull terminologi er at det finnes gener for spesifikke egenskaper. Gener kontrollerer forskjellige egenskaper i en organisme, for eksempel hårfarge eller øyenfarge, men det faktiske uttrykket for et trekk avhenger av hvilken allel som er dominerende. For eksempel kan genet for øyenfarge hos mennesker ha en allel for brune øyne og en allel for blå øyne, eller en allel for brune øyne og en for grønne øyne. Mennesker, så vel som andre livsformer som har to kopier av hvert kromosom, har også to kopier av hvert gen for å lagre alleler.
De to kopiene av et gen, en på hver av kromosomene, inneholder hver en allel. Homozygositet oppstår når de to genkopiene inneholder samme allel for en bestemt fenotype, eller uttrykt egenskap. Heterozygositet oppstår når de to allelene er forskjellige. Fenotyper kan enten være dominerende eller recessive. Hvis en fenotype er dominerende, trenger bare en av allelene for den å være til stede. Hvis det er recessivt, må begge alleler være til stede.
I følge Utah State Office of Education kan et Punnett-torg brukes til å forutsi sannsynligheten at en bestemt genotype vil forekomme hos avkom ved å ta allelene til de to foreldrene og kombinere dem. Genotypen vil påvirke fenotypen, avhengig av om allelene er dominerende eller recessive. Den grunnleggende Punnett-firkanten er delt inn i fire mindre firkanter. De mulige genene til en av foreldrene er oppført over de to øverste rutene, den andre ved siden av den går loddrett ned på venstre side. Store bokstaver betegner dominerende alleler, og små bokstaver betegner recessive alleler. For eksempel vil et homozygot dominerende gen for brune øyne bli skrevet som BB, og et heterozygot som Bb. Et homozygot resessivt gen vil bli skrevet som bb. Ved å ta bokstavene ved siden av hver firkant, for et Bb x Bb-kryss, vil sannsynligheten for en BB-genotype være 25 prosent, Bb 50 prosent og bb 25 prosent. Når det gjelder fenotype, har avkommet 75 prosent sjanse for å ha brune øyne fordi brune øyne er en dominerende fenotype, ifølge sciencekidsathome.com.